Очевидно, ИИ обучался на текстах, в которых содержатся предложения, с запятой, поставленной после обстоятельства в начале предложения.

По правилам не с глаголами всегда пишется раздельно, так что корректно только не быть. Однако логика Ваших рассуждений нам вполне понятна. Полагаем, что Вам любопытно будет прочитать статью М. Н. Эпштейна "Отрицание как утверждение. Интегральная модель написания не с глаголами и другими частями речи". https://www.emory.edu/INTELNET/dar312.htm

Да, если глаголол ложи́ться  употреблен в следующем значении:

ЛОЖИ́ТЬСЯ, несов. (сов. лечь). Располагаться (расположиться) где-л., приняв горизонтальное положение (о людях и некоторых животных) [impf. to lie down; to go to bed]. В девять вечера Сонечка всегда ложилась спать, хотя заснуть долго не могла, и мама читала ей сказки. На осмотре врача больной лег на спину.

1. Пунктуация верна. Оборот в соответствии с п.1.3 Постановления Правительства РФ от 3 ноября 1994 г. N 1233 «Об утверждении положения о порядке обращения со служебной информацией ограниченного распространения в федеральных органах исполнительной власти и уполномоченном органе управления использованием атомной энергии» можно выделить запятыми. Объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".

2. Если слово так употребляется в значении "таким способом, такими словами", то пунктуация верна. Если так – вводное слово со значением "например", то после него ставится запятая.

Отдельные правила пунктуации для таких случаев не предусмотрены. Действуют общие принципы оформления заголовков.

Кавычки нужны при указании на полное официальное наименование документа. В нашем случае название дано не полностью (но уже поправили на полное название, с кавычками). А вот "основы" в кавычки не заключаются.

Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы противоречит орфографической норме русского языка. Если в таком виде название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания приходится придерживаться. Однако в прочих текстах (например, в газетной статье, посвященной деятельности организации) следует руководствоваться правилами правописания.

Интересующая Вас языковая проблема внятно и аргументированно освещена в следующих научных работах: Влахов А. В. Причастия будущего времени в русском языке. Выпускная квалификационная работа бакалавра филологии. СПб: СПбГУ, 2010; Кирьянов Д. П., Шагал К. А. Действительное причастие будущего времени совершенного вида в русском языке (https://cyberleninka.ru/article/n/deystvitelnoe-prichastie-buduschego-vremeni-sovershennogo-vida-v-russkom-yazyke/viewer); Эпштейн М. Н. Есть ли будущее у причастий будущего времени? (https://www.emory.edu/INTELNET/prich_bud.htm). 

В русском языке не так много слов, которые начинаются с буквы Й. По данным различных словарей, таких слов насчитывается от 50 до 150. Список слов, начинающихся на букву Й, можно найти в орфографических словарях русского языка, например на https://orfo.ruslang.ru/abc/part/short_i?start=53612&end=53700. Однако стоит помнить, что словари могут включать в себя разные категории слов (например, имена собственные, географические названия, термины и т. д.), поэтому количество слов в разных источниках может отличаться.

1. Непростой вопрос. Чтобы правильно ответить, нужно помнить, что при склонении многих местоимений, особенно личных, используется супплетивная основа - склонение затрагивает не только флексию, но и саму основу, корень слова.

2. Вы правы.