Заключать в кавычки названия оценок не нужно: значение 'оценка' у слов двойка, тройка, четверка, пятерка необычным не является, в словарях оно фиксируется, поэтому для постановки кавычек нет оснований.

Нет, это корректное сочетание, оно зафиксировано словарями русского языка (см., например: Большой академический словарь русского языка. Т. 7. М., СПб., 2007).

Запятая перед как не требуется. Объяснение такое: здесь как используется в значении в качестве. Оборот с союзом как является частью сказуемого.

С союзом или предпочтительно использовать форму ед. ч. слова ручка.

Данное предложение является сложным, и запятая в нем нужна. Чтобы подчеркнуть значение следствия, результата, имеющееся у второй части, перед и можно поставить тире. 

Запятая между повторяющимися словами тоже возможна. Оба написания правильны: и через дефис, и через запятую.

Жительницу Польши в современном русском языке правильно называть полькой. Слово полячка устаревшее.

Запятая нужна, союз так что объединяющим компонентом не является.

Обособление возможно, но обязательным не является.

Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.

В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.

Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей.