Указанные в скобках запятые не нужны, так как союз и в том и в другом предложении соединяет две однородные придаточные части (в первом примере главная часть восстанавливается приблизительно как Мы расскажем, какие факторы влияют на этот процесс и возможно ли его замедлить).
В тематической литературе аббревиатура ЦУТР (ЦУТР барона Штиглица) употребляется преимущественно в несклоняемой форме. Вместе с тем встречаются и варианты в ЦУТРе, ЦУТРа. Родовую отнесенность аббревиатуры показывают редкие сочетания типа бывшее ЦУТР. Что касается приведенного ряда аббревиатурных обозначений, то при выборе формы следует учесть стилистическую характеристику текста, грамматические особенности предложения, в том числе возможность / предпочтительность формальной однотипности компонентов.
Оба варианта верны.
Частица тоже свидетельствует о том, что союз и в данном случае вводит присоединительную конструкцию (см. параграф 84 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), перед которой нужна запятая: Это не было похоже на деловую встречу, и на встречу родственников тоже.
Обстоятельственные обороты с производными (непервообразными) предлогами, к которым относится и с целью, могут обособляться или не обособляться в зависимости от некоторых условий — см. «Справочник по пунктуации». В предложении нет условий обособления обстоятельственного оборота. В принципе он мог бы быть отделен запятой от остального предложения, но тогда он носил бы характер попутного замечания, что в данном случае неуместно: информация о том, зачем руководитель организации должен лично обратиться в обслуживающий офис банка, важна для ситуации, описываемой в документе.
Вопрос с сочетанием что значит может иметь разный смысл. Если говорящий задает вопрос о том, что́ имел в виду собеседник под словами не заходит, уместно использовать кавычки: Что значит «не заходит»? Если говорящий выражает возмущение тем, что кто-то куда-то не заходит, кавычки едва ли требуются, но уместно поставить тире, отражающее специфическую интонацию вопроса: Что значит — не заходит? Вопрос, начинающийся со слова в смысле, используется также для выражения эмоций — как правило, недоумения; соответственно, рекомендуется такое же пунктуационное оформление: В смысле — не заходит?
О характере сочетания я сказал в примерах, подобных приведенным Вами, см. ответ на вопрос 312745.
Согласно ответу 223580 следует писать бензогенератор и дизель-генератор (вариант: бензо- и дизель-генератор), но не *бензодизель-генератор. Согласно ответу 263302 следует писать бензо-, электроинструменты (если речь о разных инструментах) и бензоэлектроинструменты (если речь об инструменте, который работает на бензине и электричестве). Разница не в том, что в одном случае речь идет о генераторах, а в другом об инструментах, а в типе соотношения основ сложного слова.
В речевой практике сохраняет силу общая рекомендация «правильного» выбора слов: в соответствии с авторским замыслом, с учетом стилистических особенностей текста. В разговорной речи две фразы с глаголом направьте — на адрес электронной почты и по адресу электронной почты — сообщают об одном и том же действии и едва ли различаются какими-либо смысловыми признаками. В официально-деловой речи склонять пишущего к выбору одного из вариантов могут тематические и содержательные свойства текста, а также стандарты оформления, принятые в профессиональной среде. Дублирующее использование указания е-mail (написание Е-mail обычно в начале предложения) не представляется необходимым.
По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.
По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.
По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.
Сугубой ошибкой мы бы такое построение предложения не считали, однако лексический недочет в нем действительно есть: Автор описывает великолепие природы и приводит рассуждения советских солдат о том, как на неё влияет война.
