Оба варианта возможны.
Точки в заголовке, согласно общему правилу, не ставятся. Однако в школьной практике (особенно в младших классах) точка в конце заголовка (Диктант. Классная работа.)обычно сохраняется. Это делается, чтобы не мешать закреплению стереотипа: в конце предложения надо ставить точку. Поэтому учителя часто считают отсутствие точки ошибкой.
Верно: По теме исследования была опубликована 21 научная работа.
Ни в одном словаре или справочнике нет примеров наращения предлога перед аббревиатурой на письме. Но по общему правилу употребления вариантов предлога с и со корректен вариант работа с СКЗИ.
Сочетание по окончании работ имеет значение "после окончания работ". Вам лучше использовать варианты: к моменту окончания работ, к окончанию работ, до окончания работ.
