Верно без кавычек.
Правильно со строчной.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Во всех приведенных Вами случаях не в начале предложения следует использовать строчные буквы: отдел управления персоналом, должностная инструкция, регламент.
В конструкциях со значением "названия места по совершаемому в нем действию" типа "место + отглагольное существительное" второй компонент может стоять в форме единственного или множественного числа. При этом форма числа зависит от семантики (лексического значения) отглагольного существительного. Слова со значением процессуальности, как правило, стоят в форме ед. ч., ср.: комната отдыха (не отдыхов), место для курения (не для курений), зал ожидания (не ожиданий), дворец правосудия, дом призрения.
В форме мн. ч. ставится существительное, глагольное значение которого практически утратилось: зал заседаний, дворец съездов, дом советов и т. п. Здесь заседание, съезд, совет - названия мероприятий, но не процессы.
Бракосочетание - именно процесс, церемония. Этим, как мы полагаем, и обусловлено употребление формы ед. ч. в интересующем Вас словосочетании.
Правильно: у обоих ворот.
Пишется со строчной буквы. Однако официально это не отделы, а управления (и каждое управление пишется с прописной). Структура есть на официальном сайте МВД РФ.
