Да, в этом предложении обязательно нужно как-то выделить не, чтобы подчеркнуть, что здесь это слово указывает на частицу не, а не используется как отрицание к пишутся. Подойдут кавычки, курсив или любой другой способ выделения:

Глаголы с частицей «не» пишутся раздельно.

Глаголы с частицей не пишутся раздельно.

Наречие всё равно не является вводным сочетанием.

Что имел в виду пищущий, нам неизвестно, однако порядок слов в предложении указывает на вариант "захоронение размером 1х2 м". 

Для постановки этих запятых нет оснований.

Морфемный состав слова: не-с-добр-ова-ть. Оно образовано от известного в диалектах глагола с-добр-ова-ть, который, в свою очередь, образован от диалектного глагола добр-ова-ть. В современном литературном языке это слово полноценным глаголом не является, поскольку не имеет никаких форм, кроме данной.

Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина сказано, что обороты с предлогом наряду с обязательно обособляются при расположении между управляющим словом и управляемым. Другие нормативные руководства не столь категоричны. Так, в «Справочнике по пунктуации» В. М. Пахомова, В. В. Свинцова, И. В. Филатовой определяется, что возможно невыделение оборота, находящегося не в начале и не в конце предложения, хотя обычно такие обороты обособляются. Поэтому можно вслед за авторами этого справочника сказать, что окончательное решение принимает пишущий.

Оформление зависит от того, в какого рода тексте используется написание. Так, на афише можно воспользоваться приемами графического выделения, разместив две части названия («Дело, которому ты служишь» и Медики — прототипы героев художественных произведений) на разных строчках, отформатировав надпись по центру. В этом случае точка после обеих частей названия не нужна.

В рамках иного текста придется воспользоваться двойными кавычками разного рисунка: На выставке «„Дело, которому ты служишь“. Медики — прототипы героев художественных произведений» посетители смогут увидеть...

В первом предложении подлежащее большая часть дня, потому что всё это словосочетание соотносимо со словом день (День уже прошел).

Во втором случае подлежащим является словосочетание несколько звезд. Определение ярких в подлежащее не входит.

Основные конструкции, требующие постановки скобок, описаны в базовых правилах пунктуации. См. раздел «Скобки» в «Правилах русской орфографии и пунктуации» (1956).

В общем можно сказать, что главная функция скобок — выделение разного рода второстепенной информации.