СМИ – звуковая аббревиатура, произносится [сми].

Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

Аббревиатура вуз пишется строчными.

Лучше, на наш взгляд, согласовывать это слово по мужскому роду.

Обе аббревиатуры корректны.

НИИ – аббревиатура от научно-исследовательский институт.

Специальных правил нет. Если аббревиатура есть в лингвистическом словаре, то там будет указано и правильное ударение.

Возможны варианты написания: Рег. палата (графическое сокращение, произносится полностью) и Регпалата (аббревиатура, произносится сокращенно).

Корректно: по ГОСТу. Но: по ГОСТ 18236-85 (аббревиатура не склоняется при использовании с номером и названием стандарта).

Аббревиатура пишется прописными: ВОВ. Однако надо иметь в виду, что употребление этого сокращения – признак канцелярско-бюрократического языка. Лингвисты называют эту аббревиатуру варварской и рекомендуют всячески избегать ее употребления. Подробнее – в аудиословаре «Russkiiustnii_Varvarstvo.MP3">Русский устный».