Везде требуется тире: Папуа — Новая Гвинея, Кривой Рог — Сортировочный, Северный Рейн — Вестфалия» и Мекленбург — Передняя Померания.

Рекомендация о дублировании знака переноса приводится только в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина. Это авторитетный источник, ссылка на него достаточно убедительна. Условия дублирования знака переноса в справочнике описаны так: «При переносе может потеряться различие между написаниями слов слитно и через дефис; ср.: военно-/обязанный (пишется военнообязанный) и военно-/морской (пишется военно-морской). Для сохранения различия надо во втором случае повторить дефис в начале перенесенной части: военно-/-морской. Это правило применяется по желанию пишущего».

Из правила следует, что его нужно применять тогда, когда необходимо показывать разницу между дефисными и слитными написаниями. Прием может быть полезен, например, в учебной и справочной литературе.

Корректно: уголь из разреза.

На дефисное написание влияет наличие в первой части этого сложного прилагательного суффикса -ск-. Из правила о дефисном/слитном написании прилагательных в зависимости от соотношения основ (сочинение/подчинение) в современной письменной речи имеется очень много исключений, крымско-татарский – одно из них. Такое написание – отнюдь не нововведение последних дней и не связано с событиями 2014 года, оно предлагалось еще в словаре Б. З. Букчиной, Л. П. Калакуцкой «Слитно или раздельно?» (М., 1987).

Мы не выполняем домашние задания. 

Оборот "совершенное с применением (использованием) оружия" является определением только к сочетанию "умышленное преступление средней тяжести". 

Запрета на подобные формулировки нет, они широко распространены: ведомства, средства массовой информации, каналы могут сообщать, писать, заявлять, объяснять и т. д. В этом случае работает стандартный метонимический перенос: имеются в виду сотрудники этих учреждений. Допустимы разные варианты: можно сказать и сообщает Минтранс, и сообщают в Минтрансе.

1. Прилагательные с компонентом подобный.
Это  сложные прилагательные, у которых  первый компонент — основа существительного, а второй компонент равен самостоятельному прилагательному, между ними  соединительная гласная -о. 

Сложные прилагательные со вторым компонентом подобный имеют значение 'подобный тому, что названо первым компонентом'.  Словообразовательная модель продуктивна, и не только в сфере терминологии. Ср.: шизофреноподобный, обезьяноподобниый, человекоподобный,  мужеподобный, звероподобный  и т. д.

2. Прилагательные с компонентом формный.

При всем внешнем сходстве со словообразовательной моделью, которую обсудили выше, словообразовательный анализ слов типа эпилептиформный, шизофрениформный (вариант — шизофреноформный) сталкивается с такой трудностью, как отсутствие в русском языке прилагательного  формный с подходящим для этих медицинских терминов значением. В БТС зафиксировано прилагательное формный, но только как относительное прилагательное  для одного значения слова форма: значение 7. Приспособление для придания чему-л. (обычно какой-л. массе) определённых очертаний. Формный, -ая, -ое (7 зн.).  

См. https://gramota.ru/poisk?query=форма&mode=slovari&dicts[]=42. 

Судя по всему, эпилептиформный, шизофрениформный появились в результате словообразовательного калькирования терминов epileptiform disorder, schizophreniform disorder, а вариант шизофреноформный  — это уже результат стремления встроить кальку в словообразовательную систему русского языка.

Словообразовательное калькирование (дословный перевод каждой составляющей термина) у неопытных переводчиков часто приводит к ошибочному  смысловому переводу термина целиком. На наш взгляд, пары типа шизофреноподобный и шизофрениформный вовсе не синонимы, но об этом судить должны медики. И в итоге разница в значении должна быть отражена в словарях медицинских терминов.

В любом случае все слова, приведенные в Вашем вопросе, образованы с помощью сложения основ. Никаких суффиксоидов в них нет.

Оборот с производным (непервообразным) предлогом благодаря может обособляться в зависимости от некоторых условий. Основные из них перечислены в нашем «Справочнике по пунктуации».

Обычно обособляются обороты, которые:

• располагаются между подлежащим и сказуемым: Достаточно надавить пальцем на глазное яблоко, и все реальные предметы – в отличие от галлюцинаций – раздвоятся. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. Левая стена, в противовес правой, отражала концепцию ранней смерти. И. Ефремов, Час быка. И мать, наперекор всем несчастьям, собрала меня, хотя до того никто из нашей деревни в районе не учился. В. Распутин, Уроки французского (...);
• находятся не в начале и не в конце предложения: Ровно в три часа, в соответствии с трудовым законодательством, принес ключи доктор наук Амвросий Амбруазович Выбегалло. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. ...Я заново изучил ситуацию в Праге, которая должна стать – наравне с Веной и альпийским редутом – центром решительной битвы против большевизма. Ю. Семенов, Семнадцать мгновений весны. На первых порах чего только, наряду с похвалами моему художеству, не наслушался я! В. Катаев, Трава забвенья;
• содержат объяснение того, о чем говорится в предложении, и выделяются интонационно: ...Детям, по причине малолетства, не определили никаких должностей, что, впрочем, нисколько не помешало им совершенно облениться… И. Тургенев, Малиновая вода. Кстати, Бим вовсе не представлял, ввиду отсутствия опыта, что по таким задохлым полупетухам никто никогда не отсчитывает время. Г. Троепольский, Белый Бим Черное Ухо.

В приведенном Вами предложении этих условий обособления нет.

Ваш вопрос можно разбить на несколько вопросов, каждый из которых требует ответа.

1. Список Минобрнауки со временем может (и должен) быть расширен, ибо сейчас в нем нет (вопреки названию) ни справочников, ни грамматик, а есть только 4 словаря, выпущенные к тому же одним издательством. В этом перечне отсутствуют многие авторитетные академические словари, что вовсе не делает эти издания ненужными и не заслуживающими доверия. «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (если о нем речь в Вашем вопросе) не нуждается в каких-либо представлениях и рекомендациях, это один из лучших словарей русского языка, к которому можно обращаться и на который можно ссылаться.

2. Орфографию нужно проверять по орфографическим словарям; словарь, о котором мы говорили выше, – толковый. А вот к современным изданиям, выходящим под названием «Орфографический словарь под ред. Ожегова», надо подходить с максимальной осторожностью, надежными справочниками по современному русскому языку они служить не могут. Подробнее об этом см. в ответе на вопрос № 258989.

3. Написание буквы Ё регулируется правилами русского правописания. В соответствии с ними буква Ё пишется в 3 случаях: 1) когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное), сюда же относится Ё в именах, отчествах, фамилиях людей: Чернышёв – Чернышев; 2) когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма; 3) в cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения. В остальных случаях написание Ё факультативно (необязательно).