При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще ставится в форме именительного падежа множественного числа: две крупные группировки. Но и вариант две крупных группировки возможен, это не ошибка.

В литературном языке названия республик женского рода, оканчивающиеся на -ия, -ея, согласуются со словом республика, т. е. склоняются. Литературная норма: столица Адыгеи, столица Республики Адыгеи. Однако в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: две важные новости. Но и вариант две важных новости возможен, это не ошибка.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три веские причины. Но и вариант три веских причины возможен, это не ошибка.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: две другие шайбы. Но и вариант две других шайбы возможен, это не ошибка.

Аббревиатура ОмГУПС в официальных текстах склоняться не должна, но в неофициальной, разговорной речи склонение возможно. 

Название Дорпрофжел склоняется как сложносокращенное слово, которое оканчивается на твердую согласную и по форме совпадает с существительным мужского рода с нулевым окончанием. 

Запятая нужна: она ставится между частями сложного предложения. Обратите внимание, что местоимение ему указывает на ближайшее существительное мужского рода. В данном предложении это существительные конфликт и руководитель (а не служащий), в результате нарушается логика. Предложение следует перестроить.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: четыре такие скульптуры. Но и вариант четыре таких скульптуры возможен, это не ошибка.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три контрольные лампы. Но и вариант три контрольных лампы возможен, это не ошибка.

Если речь идет именно о дереве, то уместно использование слова кофе как существительного среднего рода: кофе дало щедрый урожай. Хотя, конечно, такое использование слова не является широкоупотребительным; более того, это значение не отмечается толковыми словарями русского языка.