Здесь нет чередования, просто два слова - бутылка и бутилировать - были заимствованы русским языком в разное время. Специального глагола со значением "обрабатывать бутиловым эфиром" в русском языке нет (да и нужен ли он?).

Большое количество тире в простом предложении затрудняет чтение. Пояснения значений лучше заключить в скобки: Сортировка результатов запроса может принимать два значения: asc (для сортировки в порядке возрастания) или desc (для сортировки в порядке убывания).

Возможны два варианта: 1. О нем говорили как о плохом специалисте (= «упоминали в качестве плохого специалиста»). 2. О нем говорили, как о плохом специалисте (= «обсуждали его, поскольку он плохой специалист»).

Если предложение нельзя редактировать, то нужно разделить его на два: Поэтому надо правильно понимать: ты работаешь в «Метрополисе», или «Пятёрочке», или другой организации. Не путаться самому и не путать других.

Имя существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме множественного числа, если автор намерен подчеркнуть наличие нескольких предметов. В данном случае это сделать уместно: Хабаровский и Ставропольский края.

Метафорический перенос — это способ появления нового значения у слова, а омонимы — это разные слова с несвязанными значениями. То есть исходное и метафорическое — это два значения одного многозначного слова, это не омонимы.

Предложение построено неудачно: к глаголу выдвинут относятся два существительных в одной и той же форме — депутатами и председателем (Тв. падеж), но они не однородны, грамматические значения у них разные. Такое сочетание слов затрудняет восприятие смысла. 

Это неверное сочетание. Слово двое употребляется только с одушевленными существительными мужского и среднего рода (двое мальчиков) и с существительными, не имеющими единственного числа (двое саней). В данном случае верно: ...три статьи и два тезиса.