Чередование о // а регулярно происходит в корнях глаголов при присоединении к ним суффикса -ива/-ыва (со значением длительного или регулярно повторяющегося действия): ходить/хаживать, носить/нашивать и т. п. Однако из этого правила есть исключения. Например, для пары оспоривать/оспаривать еще в первой половине XIX века был нормативен только первый вариант ("Хвалу и клевету приемли равнодушно / И не оспоривай глупца”, А. С. Пушкин). Сегодня нормативны только варианты приурочивать, уполномочивать, подытоживать, просрочивать, узаконивать, упрочивать.

Чередование т // ч также относится к историческим, оно происходило под влиянием звука [j], например: свет > свет + ja > свеча.

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

Корректно: 1) Рыба фугу сама по себе опасный продукт; 2) Носить обувь на босу ногу; 3) Чтение; 4) Алло — междометие: Алло, это Мария Петровна? и Алло! Это Мария Петровна? 5) Никто из вас мне не указ. Подлежащее — никто, сказуемое — не указ; ? 6) Его мозг работает как часы; 7) Глагол вырвать, безл., в значении "стошнить" (Ребенка вырвало) носит разговорный характер; 8) Название и наименование — синонимы. Чтобы узнать их конкретные значения, воспользуйтесь словарями, размещенными на нашем портале; 9) Ни забот и ни хлопот.  

Пожалуйста, не втискивайте несколько разных вопросов в одно письмо. 

Вы правы, в обоих предложениях сказуемое стоит перед подлежащим. В целом это можно доказать, изменив время на прошедшее: Родиной многих величайших художников... была Россия (подлежащее остается в именительном падеже).

"Большой толковый словарь русского языка" считает слово "копировать" глаголом несовершенного вида (что делать?). При этом совершенный вид (что сделать?) - "скопировать". В Вашем примере подходят оба глагола, но если нужно особо отметить завершенность действия, лучше использовать глагол совершенного вида.

Ампутировать - двувидовой глагол (что делать и что сделать).

Примеры из художественной, публицистической и мемуарной литературы  свидетельствуют о том, что причастие заставленный (синоним принужденный) встречается, хотя и весьма нечасто: заставлены силой пойти, заставлены работать, заставленный трудиться ночь напролет, заставленный сказать, заставленная наряжаться как невесть кто. «Иной возьмет бубен, начнет бить в него, как будто поневоле заставленный, и запоет зевая; а там по времени, также как будто нехотя, и другие пристанут к нему». [Г. И. Давыдов. Двукратное путешествие в Америку морских офицеров Хвостова и Давыдова, писанное сим последним (1808-1809)]. «Жуковский мною заставлен сделать.. великое дело«, «Я заставлен почти невольно взглянуть гораздо строже на самого себя...» [Н. Гоголь в письмах 1844 и 1848 годов].

Как раз конкуренция моделей на сайте и в магазине и создает здесь языковую трудность. Хорошая новость состоит в том, что в данном случае пока нет «правильного» или «неправильного» варианта: норма формируется (и все носители языка в этом участвуют), словари ее еще не фиксируют. Предлоги в и на в сочетании с определенными словами могут конкурировать в течение длительного времени, а обсуждаемые слова и названия совсем недавно пришли в русский язык.

В ряде случаев выбор предлога может зависеть от контекста, ср.: купил на «Озоне» (на сайте) — забрал в «Озоне» (в пункте выдачи; предлог в связан с представлением о замкнутом пространстве).

Верно: На левой стороне дороги находится множество легковых автомобилей и один белый фургон.

В пункте 3 параграфа 2245 академической «Русской грамматики» говорится, что при подлежащих большинство и множество в тех случаях, когда сказуемое предшествует подлежащему, употребляется форма единственного числа сказуемого. Использование такой формы при близких по смыслу однородных подлежащих, связанных союзом и, вполне возможно, сравним примеры из параграфа 190 справочника под ред. Д. Э. Розенталя: На стене висела винтовка и высокая казацкая шапка (Пушкин); В нем [Пушкине], как будто в лексиконе, заключалось всё богатство, сила и гибкость нашего языка (Гоголь); Главной заботой была кухня и обед (Гончаров); И с берега, сквозь шум машины, неслось рокотание и гул (Короленко).

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Исходя из этимологии этого жаргонного слова, заруфить действительно означает 'залезть на крышу'. Но слова, употребляясь в языке, могут менять свое значение (оно может расширяться или сужаться), у слов может развиваться переносное значение. У слова заруфить вполне может развиться (а может, уже и развивается) переносное значение: 'залезть на крышу' – 'залезть на какую-либо поверхность высокого сооружения' – 'залезть, взобраться на какой-либо высокий предмет, сооружение'. В этом смысле вполне можно (будет) заруфить и шпиль, и дерево (т. е. даже то, где нет крыши). Ср. историю слова ксерокс: изначально так назывался только копировальный аппарат фирмы Xerox, а потом, невзирая на этимологию слова, так стали называть любой копировальный аппарат, даже не имеющий к этой фирме никакого отношения.