Кажется, что несклонение имени граф де Ла Фер можно объяснить разве что традицией. Поскольку авторы перевода романа «Три мушкетера» последовательно склоняют аналогичную фамилию де Ла Порт: Не говорил я вам разве, что она крестница господина де Ла Порта, доверенного лица королевы? Так вот, господин де Ла Порт поместил мою жену у ее величества...

Вопрос о постановке/непостановке запятой в этикетной формуле С уважением(,) NN весьма непрост. Никакой грамматической необходимости в постановке этой запятой нет. Однако она ставится по традиции, заимствованной из образцов англоязычной переписки. Необходимость постановки какого-либо знака в этой фразе ощущается носителями русского языка интуитивно, поскольку она по сути представляет собой неполное предложение, которое может быть развернуто, например, так: С уважением относящийся к Вам NN (в позапрошлом веке она звучала более витиевато и представляла собой полное предложение: Примите уверение в моем совершеннейшем к Вам почтении. NN).
В ситуативно неполных предложениях (которые, кстати, становятся все более употребительными в современной разговорной речи) обычно на месте пропуска значимых членов предложения ставится тире. Однако, поскольку выражение типа "С уважением NN" применяется исключительно как этикетная формула эпистолярного стиля, традицией стало графическое отделение частей такого предложения, что вполне заменяет собой знак препинания (то есть тире, но не запятую, которой в этой конструкции нечего отделять или выделять). Можно перенести подпись на строчку ниже или разместить фразу слева, а Вашу подпись справа на странице, например:

С уважением
Екатерина Михайлова

См. в современных справочниках по делопроизводству или культуре письменной речи, например: Культура устной и письменной речи делового человека. Справочник-практикум. — М.: Флинта: Наука, 2000.

Порядок "Фамилия И. О." соблюдается при именовании адресата в деловых документах. В большинстве остальных случаев принят порядок "И. О. Фамилия". См.  ГОСТ Р 7.0.97-2016 "Национальный стандарт Российской Федерации. Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов" (утв. Приказом Росстандарта от 08.12.2016 N 2004-ст) (ред. от 14.05.2018). 

Название этого музея - искусственное словообразование. Оно состоит из русского эра и арт (art, искусство).

Вы правы. Если ударение в именительном падеже падает на -я (Альфия), в дательном падеже верно: Альфие.

Здесь не будет ошибкой ни слитное, ни раздельное написание. Какое предпочесть – решать Вам. В принципе, факторов, требующих раздельного написания, здесь нет; если вкладываемый Вами смысл – утверждение несогласия, Вы можете оставить слитное написание.

Вы правы, в формах косвенных падежей эти названия совпадают, возможна путаница. Это одна из причин, по которым несклонение топонимов на -О считается допустимым. См.: http://gramota.ru/class/istiny/istiny1toponimy/

Француз, конечно. И по-французски, безусловно, произносится Эйфель. Но в русском языке закрепилось (неправильное с точки зрения французов) ударение Эйфель (зафиксированное словарями), и башню мы называем всё-таки Эйфелевой, а не Эйфелевой. Такие случаи не редкость, сравните: мы говорим Долорес Ибаррури (хотя испанцы говорят Ибаррури), писатель Шоу для нас Бернард, хотя для англичан он Бернард. И т. п.

Указанное правило не распространяется на формы мужского рода. В них всегда пишется одно Н.

Это сочетание не вполне удачное.

Запятая не нужна.