Как произносится фамилия, решает носитель этой фамилии. В именах собственных буква ё используется непоследовательно, строгой регламентации ее употребления нет. Поэтому фамилия Алехин может быть прочитана и как А[л'э]хин, и как А[л'о]хин.

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года такая орфографическая ситуация прямо не оговаривается, хотя есть правила, под которые можно было бы подвести написание имен собственных:

«Буква ё пишется в следующих случаях:

1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; вёдро в отличие от ведро; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное).

2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма.

В справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина букву ё в именах собственных рекомендуется писать, но о ее обязательности не говорится:

«В обычных печатных текстах буква ё употребляется выборочно. Рекомендуется употреблять ее в следующих случаях.

3. В собственных именах — фамилиях, географических названиях, напр.: Конёнков, Неёлова, Катрин Денёв, Шрёдингер, Дежнёв, Кошелёв, Чебышёв, Вёшенская, Олёкма».

Вы абсолютно правы. Действительно, на письме часто не различают двойную фамилию и соединение двух фамилий, принадлежащих разным людям, хотя дефис и тире такую возможность нам дают, ср.: законы Гей-Люссака, закон Вант-Гоффа и закон Джоуля — Ленца, уравнение Навье — Стокса, комета Шумейкеров — Леви 9, комета Шайн — Шалдеха. Некоторые подобные названия по фамилиям ученых закреплены в академическом орфографическом словаре, а правило сформулировано, например, в академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Запятая не требуется: Для этого необходимо перейти на другие, более высокоэнергетичные фотоны, которые через данный слой плазмы могут пробиться. Сочетание более высокоэнергетичные — это пояснительное согласованное определение, оно не выделяется, а только отделяется от поясняемого определения запятой.

Слова "в том числе" обособлять не нужно. Предложение настолько неоднозначно, что возможны разные способы прочтения с разной пунктуацией. Может быть, лучше разбить эту фразу на две-три более коротких? Так и читателю будет проще.

Употребление строчной буквы корректно. С прописной слово министерство пишется только как первое слово полного официального названия.

Часть на условиях договора, контракта, лицензионного соглашения с производителями информации относится только к документам, размещенным на внешних технических средствах, получаемым библиотекой во временное пользование через информационно-телекоммуникационные сети. В противном случае предложение было бы построено иначе. 

Чередование ударных звуков [э] и [о] (на письме обозначающихся буквами е и ё), когда [э] стоит перед мягким согласным, а [о] стоит перед твердым, — это не редкость в русском языке. Ср., например: ель ([э] перед мягким), но ёлка ([о] перед твердым), плеть, но плётка, Петька, но Пётр, темень, но тёмный, Савелий, но Савёл, Савёловский вокзал и др. Данное чередование — результат фонетического процесса, который проходил в XIII–XV вв. и привел к тому, что исконное [э], а также [э], возникшее из ь (еря) в результате падения редуцированных, переходило в [о] перед твердым согласным. Звук ять в [о] не переходил, поэтому в современном русском языке обсуждаемое чередование отсутствует в тех позициях, где был ять, ср. медь (др.-рус. мѣдь) и медный (не мёдный). Процесс перехода [э] в [о] осложнялся различными дополнительными факторами, в силу чего его результаты в современном русском языке отражены непоследовательно. К примеру, принадлежность слова к церковной сфере употребления препятствовало такому переходу, ср. день, подённый, но церковнославянское денно и нощно. Слово можжевеловый кодифицировано в двух равноправных произносительных вариантах: можжеве́ловый и можжевёловый.

См. ответ на вопрос № 176838.