Такая формулировка вполне нормативна. 

Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

Категория одушевленности выражается не так. Одушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и родительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу мальчиков — нет мальчиков, вижу мальчика — нет мальчика. Винительный падеж совпадает с родительным.

Неодушевленные существительные имеют совпадающие окончания множественного числа винительного и именительного падежей, а для существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения это распространяется и на единственное число. Ср.: вижу ковры — старинные ковры, вижу ковёр — старинный ковёр. Винительный падеж совпадает с именительным.

Конференция — неодушевленное существительное, во множественном числе винительный падеж совпадает с именительным (ненавижу конференции), всё логично.

Нет, не более логичен. Выражение уважения – вовсе не главная функция прописной (большой) буквы в русском язые. У прописной буквы две основные функции, первая – выделение первого слова предложения, вторая (и в данном случае это очень важно) – выделение собственного имени / наименования, т. е. одного предмета из ряда однородных. Написание Вы при обращении к нескольким лицам, т. е. употребление прописной для обозначения нескольких предметов противоречит основному предназначению этой буквы, поэтому и не является нормативным.

Правильно: выдан Верезубу Кириллу Вадимовичу.

Верно: Например, в случае хорошего урожая мяты и, соответственно, низкой цены на нее в следующем году, площади, отводимые под мяту, могут быть сокращены и отданы под более рентабельные посевы.

Запятые не требуются.

Сомнения вызывает оборот Начиная Михаилом Фёдоровичем и заканчивая расстрелом (начало периода обозначается именем человека, а финал — событием). Возможно, будет лучше сказать: С начала правления Михаила Федоровича и до расстрела Николая II...

Вы правы, слово министерства здесь лишнее. Правильно: министру социального развития и семейной политики.

Запятая не ставится, определительный оборот тесно примыкает к местоимению всем.

Контекст допускает двоякое толкование.