В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.
Андрей, встречный вопрос: разве все в языке нужно однозначно регламентировать? Автор волен выбирать слова и синтаксические конструкции для своего высказывания; автор решает, какой вариант расстановки знаков препинания (из числа возможных, употребительных, нормативных, верных) соответствует его коммуникативной цели.
В приведенном Вами примере есть основания и для постановки запятой, и для отсутствия знака – то есть, нет собственно пунктуационной ошибки. Процитированный ответ "Справки" хотя и неуниверсален, но годен для большого числа контекстов.
Наречие «действительно», как правило, притягивает на себя фразовое ударение (Ср.: Ты очень устал – Ты действительно очень устал); по своему значению оно синонимично прилагательному «действительный» – «настоящий, подлинный». В спорных случаях вопрос о расстановке знаков препинания решает автор текста.
Различать наречие и вводное слово действительно не просто. Вводное слово отличается интонационной обособленностью (при устном прочтении оно выделяется паузой) и оттенком значения. Вводное слово действительно выражает уверенность говорящего в истинности сообщаемого факта. Наречие действительно, как правило, притягивает на себя фразовое ударение и по своему значению синонимично прилагательному действительный 'настоящий, подлинный'. В спорных случаях вопрос о расстановке знаков препинания решает автор текста.
Возможные варианты постановки знаков препинания в зависимости от того, какое значение автор придаёт причине появления «здесь» святой воды:
- Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке: ну а вдруг кто помянуть захочет?
- Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке (ну а вдруг кто помянуть захочет?).
Для того чтобы — составной подчинительный союз. Придаточные предложения, присоединяемые союзом для того чтобы, выделяются (или отделяются) запятыми. При этом союз может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «чтобы»). О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Справочнике по пунктуации.
На границе частей сложного предложения запятая ставится: ...нужно, чтобы...
Приведенный вариант постановки знаков препинания неудачен, так как первая часть воспринимается прежде всего как придаточное при глаголе говорят во второй части, а это требует постановки запятой: Какая она, идеальная женщина, говорят дети. Чтобы сделать акцент на придаточной части, нужно поставить перед ней тире, при этом закрыть запятой пояснительный оборот: Какая она, идеальная женщина, — говорят дети. Как вариант, можно разбить предложение на два: Какая она, идеальная женщина? Говорят дети.
При такой постановке знаков в предложении возникает сочетание самое интересное архитектурное сооружение усадьбы и регулярный парк, у которого устанавливаются отношения тождества с сочетанием дворец и грот. Едва ли всё это соответствует авторскому замыслу. Самым простым решением будет использование вставной конструкции, относящейся к одному из компонентов однородного ряда, в котором нужно оставить только один союз и: На обзорной экскурсии можно посетить дворец, грот (самое интересное архитектурное сооружение усадьбы) и регулярный парк.
1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».