В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

Можем предположить, что такое название возникло благодаря созвучию сочетания ДК Чкалова и жаргонных слов чекалда, чекалдыкать. Поэтому мы рекомендуем писать так: «Чекалда». В «Словаре региональной лексики и народных топонимов города Новосибирска» И. В. Ливинской, А. И. Матвеева (Новосибирск, 2016) это название дано в двух вариантах: Чекалда и Чеколда, при этом вариант с А на первом месте. 

Рекомендуем поставить тире: Историк Лев Лурье — о грядущем переезде СПбГУ в Гатчину.

Тире ставится в неполных предложениях, состоящих из двух компонентов со значением субъекта, объекта, обстоятельства (в разных сочетаниях) и построенных по схемам: «кто — кому», «кто — где», «что — кому», «что — куда», «что — как», «что — где», «что — за что» и др. Такие предложения распространены в газетных заголовках.

В этом предложении одна придаточная часть (если она настоящая) и две главные части. К ним обеим придаточная часть и относится: хорошо пахнет (при каком условии?), если она настоящая и мыть ее не нужно (при каком условии?), если она настоящая. Если придаточная часть относится к двум частям, связанным союзом и, то запятая между частями (перед союзом) не ставится.

Пунктуация в приведенном примере верная. О сочетании запятой и тире см. в § 64 раздела Сочетания знаков препинания (Розенталь Д. Э. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» М., 2003), где указано, в частности, что в большинстве случаев каждый из этих двух знаков препинания ставится на собственном основании (запятая может закрывать обособленное определение, приложение, придаточную часть и т. д.)

Фамилия Вашего знакомого должна склоняться. Законы русской грамматики предписывают склонять все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных, Долгих). Качество согласного (взрывной, шипящий, сонорный), происхождение фамилии, место ударения в фамилии – все это в данном случае не имеет значения (эти факторы имели бы значение, если бы фамилия оканчивалась на гласный звук). Правильно: Малышу Сергею.

Все три выражения являются правильными. Отметим отличия, на которые и Вы обратили внимание. Оборот с предлогом по используется в качестве официального наименования территориального подразделения УМВД, а следовательно, предпочтителен в текстах, где важна номинативная точность. В двух других случаях сфера употребления оборотов намного шире, не стандартизирована, выбор конструкций может диктоваться смысловыми особенностями высказываний и стилистическими свойствами текстов.

В правилах пунктуации предписаний по поводу двойных скобок нет. Конструкции, которые нуждаются в двух парах скобок, нежелательны. Часто можно заменить одну пару скобок на тире. Однако иногда двойные скобки встречаются в специальных текстах, например в академических правилах орфографии (см., например, здесь). В неофициальных ситуациях общения знак )) используется вместо улыбающегося смайлика. Но такое употребление, конечно, не регламентировано.

Запятые не нужны, так как это простое предложение, не имеющее однородных членов, уточняющих и т. п. членов предложения. Оно состоит из подлежащего ты, опущенного (что свойственно разговорной речи) сказуемого *идешь и двух разных второстепенных членов: обстоятельства времени сегодня и обстоятельства места в зал. Таким образом, здесь не имеется слов, которые необходимо было бы отделять или выделять. 

Обороты с производными предлогами типа благодаря обособляются при подчеркивании их смысла, то есть их обособление не обязательно (кроме некоторых особых ситуаций, к которым рассматриваемый случай не относится). Если автор хочет подчеркнуть смысл оборота, он может это сделать с помощью запятой или интонационного тире. Для постановки сразу двух знаков — и запятой, и тире — здесь нет оснований.