Полагаем, это просто устаревшая рекомендация. Верно слитное написание.

Верно:

Орфографический словарь

Оба варианта нормативны. Это означает, что в любом случае не будет ошибки.

Потому что указанные Вами слова не имеют соответствующих значений. Семантическое значение и этимологическое значение могут различаться.

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

При составных числительных, оканчивающихся на один, сказуемое, как правило, ставится в форме единственного числа. Поэтому верно: Была остановлена 21 скважина.

В деепричастиях прошедшего времени, как и в глаголах прошедшего времени, перед суффиксом сохраняется та же гласная, что и в инфинитиве: увидев, увидел.

Слова вроде фарш употребляются во множественном числе нечасто, в основном в профессиональной речи. В обычных текстах для широкой аудитории рекомендуется использовать форму единственного числа:  ...в фарше «Говяжий» (Самара) и «Свиной».

Вы привели правило о формах винительного падежа (совпадающих с именительным или родительным падежом). А в сочетании без двух минут использована форма родительного падежа. Форма винительного падежа: (вижу) две минуты.

Эти аббревиатуры могут использоваться в тексте при условии их предварительной расшифровки, если они не будут затруднять восприятие текста читателем. При этом употребление аббревиатуры должно быть обоснованным (например, уместно ее использовать в случае ее частого повторения, целесообразности экономии места на печатном листе и т. д.).