Особое (высокое) стилистическое употребление по сути означает проявление воли автора текста (т. е. прописные буквы используются, когда автор ставит перед собой соответствующую стилистическую задачу - особо выделить то или иное слово, употребленное в высоком значении).

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Ваш вопрос (Является ли обувь одеждой?) энциклопедический по своей сути и предполагает обращение к справочно-энциклопедической литературе и нормативным описаниям. Словарные толкования — в соответствии с задачами конкретного лексикографического издания — описывают смысловые признаки слов, а не содержание понятий.

С разделительным твердым знаком пишутся слова иноязычного происхождения с начальными частями аб-, ад-, диз-, ин-, интер-, кон-, об-, суб-, которые в языке-источнике являются приставками, а в русском языке в качестве приставок обычно не выделяются. Объект — одно из таких слов.

Сочетание "двойной род" нетерминологично. По сути речь идет о разных явлениях. Существительные общего рода - это названия лиц мужского и женского пола (староста, плакса и т. п.). А слово кофе - это существительное, которое согласуется в мужском и среднем (в разговорной речи) роде, ничуть не меняя при этом своего значения.

В предложении говорится только о том, что собака положила птицу при выходе из воды, то есть в процессе выхода. В процессе выхода она может положить птицу и на мелководье, вблизи от берега, и уже на берегу, коснувшись лапами суши. Поскольку это в предложении не конкретизировано, можно считать равноправными оба понимания.

В случаях, когда слова используются не для обозначения объектов действительности, а в качестве языковых примеров, они, по сути, являются несогласованными приложениями к существительному слово: Необходимо сделать фонетический анализ слов: слова «молоко», слова «ночь», слова «карандаш». При этом, конечно, многократное повторение слова слово в речи избыточно.

Ответим кратко в режиме "справки", подробности есть в лингвистической литературе.

Речь идет о разговорной звательной форме, по сути это отдельный падеж, который пришел на смену старому звательному падежу, существовавшему в древнерусском языке и ныне исчезнувшему (сохраняется в церковнославянских формах Боже, отче). Это не родительный падеж. Ошибкой не является, хотя данные формы считаются разговорными. 

Да, вполне возможно. См. значение наречия практически:

ПРАКТИЧЕСКИ, нареч. 1. В практическом отношении, на практике (1-2 зн.). Идея исследована п. и теоретически. Осуществить замысел п. П. решить проблему. Ознакомиться с материалами п. 2. По существу, по сути дела. Работа п. завершена. Собрались п. все. П. всё осталось по-прежнему. П. оба проекта не годны.