Правильно: ныне не существующие компании.
Значение слова годовщина предполагает его употребление в отношении какого-либо события. Поэтому корректно: годовщина создания (основания, образования и т. п.) компании.
Запятые нужны. Но предложение странное.
Запятая нужна, слово что здесь является не частью союза несмотря на то что, а союзным словом — подлежащим внутри придаточной части: Несмотря на то, что стряслось с самого утра, я принимаю свой день и свои чувства.
Род аббревиатуры в этом случае определяется родом главного слова (компания): МКПАО «ХХХ» и её дочерние компании.
Стандартная для официально-деловой и публицистической речи конструкция с наименованием фирмы, компании, организации и т. д. включает родовое слово (апеллятив). Если в предложении такого слова нет, а оставлено лишь название компании, то автору следует самому выбрать грамматическую форму сказуемого — с учетом контекста и смысловых предпочтений.
