Надеемся, что мы верно поняли Ваш вопрос о правилах употребления буквы э в современном русском письме. Едва ли есть какие-то особенности ее употребления применительно именно к заимствованиям из японского языка. История буквы э в русском алфавите весьма непроста. Написание е после твердых согласных, парных по твердости-мягкости, в заимствованиях типа тире, модель (вместо *тирэ, *модэль) и др. (то есть написание смягчающей буквы е в заимствованных словах после парных по твердости-мягкости согласных в тех случаях, когда они обозначают твердый согласный звук) само по себе является нарушением слогового принципа графики. Для читающего это нередко становится причиной орфоэпических трудностей: как произносить — О[д'э]сса или О[дэ]сса, эс[т'э]тика или эс[тэ]тика, б[р'э]нд или б[рэ]нд?

Еще в 1930-е годы академик Л. В. Щерба замечал, что «прямо преступно не пользоваться всеми возможными в русской графике средствами для указания правильного произношения». Однако при этом возникала бы иная проблема: что делать по мере обрусевания заимствованных слов, при котором твердые согласные перед э заменяются мягкими (ведь согласный перед орфографическим е остается твердым, как правило, лишь в таких заимствованных словах, которые еще не стали общеупотребительными или сохраняют принадлежность к научному или высокому стилю речи: наши бабушки говорили му[зэ]й, наши мамы — к[рэ]м, а теперь эти слова произносятся в соответствии с написанием), — снова корректировать написание таких слов, меняя при их обрусевании э на е? Это показалось невыгодным, и правилами 1956 года было утверждено написание буквы э после твердых согласных лишь в трех нарицательных существительных (мэр, пэр, сэр), а также в именах собственных. Таким образом, написание буквы е в подобных случаях учитывает изменение произношения слова в будущем и является более практичным. Однако с конца ХХ века написание новых заимствований с буквой э проникает в печать всё чаще и чаще, поскольку это зачастую единственный способ подсказать читателю произношение таких слов. Написание с э сохраняется до тех пор, пока слово еще недостаточно хорошо освоено языком и осознается как явно иноязычное.

Слова как духовным, так и физическим нужно выделить с двух сторон (возможно выделение запятыми, тире или скобками). Остальные знаки поставлены правильно.

Корректно: роддома́.

Конечно, этот список не является исчерпывающим. То есть нельзя сказать, что все прочие словари "не содержат норм литературного языка".

Имя человека не искажено, словари фиксируют фамилию как Острови́тянов. Но, став географическим названием, слово начинает новую жизнь. В географическом названии закрепилось иное ударение. 

Нужно закрыть запятой причастный оборот, находящийся после определяемого слова: Для восстановления электроснабжения павильона ожидания, расположенного на остановочном пункте «Площадь Академика Люльки», в настоящее время продолжаются мероприятия по переоформлению технических условий для дальнейшего подключения к электрическим сетям.

Допускается.

Ставится тире.

Тире ставится перед сказуемым, присоединяемым к подлежащему словами вот, это: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости», — сказал когда-то Пушкин (Расп.); Пушкиногорье — это не только памятник историко-литературный, это и своеобразный ботанический и зоологический сад, замечательный памятник природы (Гейч.). В качестве связки возможно и сочетание это есть: Гипотенуза — это есть сторона прямоугольного треугольника, лежащая против прямого угла (из учебника).

Такой словопорядок не редкость, но Д. Э. Розенталь в своих пособиях рекомендовал его избегать.