Вопрос был, является ли сочетание плеоназмом. Да, оно является плеоназмом. Однако из этого не следует, что такое сочетание запрещено употреблять медикам (видимо, в таком понимании ответа причина возможной угрозы). Не каждый плеоназм является ошибкой. Есть плеоназмы, которые закрепились в качестве терминов. Приведенные Вами обороты тому пример.

Слово период многозначно. В текстах (в частности, в научных) указание на временно́е понимание периода может быть обусловлено представлениями о таких качествах речи, как точность и ясность.

Предлог в соответствии с относится к непервообразным (производным) предлогам. Оборот с таким предлогом, расположенный в начале предложения, нужно обособить в случае, если требуется обозначить его границы (чтобы предложение не выглядело двусмысленным):

Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ.

В остальных случаях для обособления нет оснований.

Фраза Я правильно понимаю? имеет право на существование. Она применяется в ситуациях, когда говорящий хочет удостовериться в корректности своего понимания информации или ситуации. Первое значение глагола понять — «усвоить, сделать принадлежностью своего сознания смысл, сущность, значение и т. п. чего-л.», и в этом значении глагол может сочетаться с наречиями, указывающими на субъективность понимания: плохо, хорошо, правильно, неправильно, приблизительно, глубоко, поверхностно, по-своему и т. д. 

Вы правы, в глаголе понимать и в производном от него существительном понимание (именно это существительное входит в задание) корень с чередованием. См. соответствующую словарную статью в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Обстоятельственный оборот с производным предлогом в целях в начале предложения нужно было бы обособить, если бы требовалось обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, сравним пример с другим производным предлогом: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами предложении подобных разночтений нет, а потому для постановки запятой нет оснований.

Это отнюдь не очевидно. Воскресный день - это воскресенье. А воскресные дни - это "все воскресенья". На официальном сайте Московского паркинга аналогичное понимание этого термина: "С 1 мая по 31 декабря 2014 года по воскресеньям и праздничным дням парковка бесплатна".

Выбор словосочетания определяется смысловыми особенностями предложения. О чем идет речь? О предоставлении руководителям неких мер стимулирования? О стимулировании руководителей? В дополнение отметим грамматические свойства словосочетания: в его составе пять существительных. Такой ряд затрудняет понимание предложения, а следовательно, его стоит отредактировать.