Правильно с прописной буквы.
Корректно: на базе г. Биробиджана.
В нейтральном стиле слово город избыточно, поэтому лучше писать и говорить: командировки в Москву. Сочетание командировки в г. Москву соответствует нормам деловой речи.
Оба варианта возможны, выбирайте тот, что точнее передает смысл.
Запятая в обоих случаях не нужна.
Правильно: ученик Днепропетровска и ученик г. Днепропетровска. Географическое название, употребленное с родовым наименованием город, выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.
См. в «Письмовнике».
Русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город и сокращением г. склоняются: в Слюдянке, в городе Слюдянке, в г. Слюдянке, предприятия г. Слюдянки.
Заметим, что к сочетаниям со словом город не относится общая рекомендация не склонять название в тех случаях, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.
