Можно использовать оба предлога, в данном случае они синонимичны.
Корректно без предлога. Возможно также: сплав чего с чем.
В справочниках не удалось найти именно такой случай (когда повторяются слова с дефисами).
Предлагаем не ставить запятую по аналогии со правилом, по которому в конструкциях с повторами между двумя частями не ставится никакого знака, если хотя бы одна из частей содержит пробел (на всё на всё; в чём в чём; о том о сём и т. д.): Я такой-то такой-то, чем могу помочь?
Рекомендации справочных пособий разнятся. «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской предлагает не склонять названия пустынь в сочетании с родовым словом. В то же время «Словарь географических названий» А. В. Суперанской рекомендует в такой же ситуации изменять по падежам названия пустынь женского рода: в пустыне Сахаре. Однако на практике чаще встречается несклоняемый вариант: в пустыне Сахара.
В современном русском языке в слове надежда приставка уже не выделяется. «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова предлагает такой вариант разбора: надежд-а. Исторически – да, это слово образовано от nadeti 'положить, поставить' – префиксального производного от *deti > деть 'класть, ставить'. Надежда буквально – 'то, на что полагаются'. Но это, подчеркиваем, исторический состав слова; при синхронном (современном) морфемном анализе выделение приставки на- и суффикса -жд- нецелесообразно.
Предлог в соответствии с относится к непервообразным (производным) предлогам. Оборот с таким предлогом, расположенный в начале предложения, нужно обособить в случае, если требуется обозначить его границы (чтобы предложение не выглядело двусмысленным):
Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ.
В остальных случаях для обособления нет оснований.
Подобные написания не регламентированы. Предлагаем писать без дефиса: омега-3 и 6, омега-3, 6 и 9.
С висячим дефисом пишутся цифры, замещающие начальные части сложных слов, например: 1-, 2-, 3-комнатные квартиры. Такая запись помогает понять при чтении, что числительное не свободно, что его нужно соединить с последующей частью слова. Для количественных числительных в постпозиции дефис кажется избыточным, цифра без дефиса воспринимается однозначно.
Оборот тем не менее является союзом, обособляться он не должен, в отличие от вводного сочетания судя по всему. Однако в предложении эти два разнородных компонента соединены союзом как однородные и тем самым по функции сближены. Предлагаем оформить их как вставку: Фильм пока не удостоился внимания крупных фестивалей, но — тем не менее и судя по всему — это явно достойная и качественная работа.