Если клан А. — это владелец, то слова в скобках склоняются.

Да, в подобных предложениях слова или Катастрофу, или лесные братья играют роль пояснительных членов предложения и выделяются запятыми.

Для постановки указанной запятой нет оснований. Другими словами, нет такого правила, по которому здесь должна была бы стоять запятая.

Вы правы, в данном случае запятая не нужна, так как оборот не обозначает сравнения, а союз как равен по значению предлогу в качестве. Правила приведены в параграфе 42.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. 

В таком контексте прилагательное грязные с частицей не пишется раздельно (не грязные), так как возражение подчеркивает отрицание.

Прежде всего констатируем: сочетание по итогу создано в соответствии с нормами русской грамматики. Типичное употребление сочетания предлога и существительного по итогу можно проиллюстрировать цитатой из «Дневника писателя» Ф. М. Достоевского: «Окончательный же расчет, уплата по итогу может произойти даже гораздо скорее». В современной разговорной речи встречаются высказывания, в которых сочетание по итогу используется для обозначения результата некоего процесса, и именно такое употребление, как можно предполагать, Вы имеете в виду. Например, можно услышать фразы типа по итогу сделано было все как полагается; они заболели по итогу. Действительно, более корректными видятся варианты с сочетанием в итоге или в результате: в итоге сделано было все как полагается; они заболели в результате. Здесь снова констатируем: в таких вариантах сочетания в итоге, в результате выступают в роли слов союзного типа со значением обусловленности. Очевидно, что в этой особой текстовой роли сочетания в итоге и в результате (ср. с наречным сочетанием в конце концов) стали употребляться отнюдь не сразу. Вероятно, похожий процесс (перехода в новый грамматический статус) происходит сейчас и в «жизни» сочетания по итогу. Можно допускать, что говорящие стремятся выразить определенные смысловые нюансы при выборе этого сочетания. Вывод: грамматические средства русского языка могут изменять и расширять сферу употребления. У наблюдателей (позитивно и критично настроенных) есть возможность собрать интересный языковой материал и попробовать свои силы в его анализе.