Да, это однокоренные слова с чередованием в корне.
В корне сед(сес)/сид(сиж) без ударения пишется е перед твердым д, пишется и перед мягким д, напр.: седок, сидеть.
И с к л ю ч е н и я: е перед мягким: седельник, седельце, чересседельник, седельный; и перед твердым: сидушка, высидка, высидной, высидочный.
П р и м е ч а н и е 1. Под ударением может быть и и, и е: сидя, сесть, присед.
П р и м е ч а н и е 2. У корня сед- есть омоним: сед-ой.
П р и м е ч а н и е 3. Полный корень сед(сес)/сид(сиж)/сяд(сад), вариант сяд- выступает только под ударением: сяду, присядка.
П р и м е р ы. Слова с корнем сид[д’]-: сидеть (и с приставками: высидеть, досидеть(ся), засидеть(ся), насидеть(ся), обсидеть, отсидеть(ся), пересидеть, посидеть, подсидеть, просидеть, рассидеться) и производные (сиделец, сиделка, сиденье, сидмя, сидячий, посиделки и т. п.). Слова с корнем сед-: восседать (и с другими приставками: заседать, наседать, оседать, приседать, проседать), седлать (и с приставками: переседлать, расседлать), дозаседаться, седалище, седалищный, седок, седло, заседатель, председатель.
Да, склоняется: р. п. - Палия, д. п. - Палию и т. д.
Верно: Скиженок, Скиженока, Скиженоку и т. д. Возможен также вариант: Скиженок, Скиженка, Скиженку и т. д.
Нужно склонять только мужскую фамилию Нечай: р. п. - Нечая, д. п. - Нечаю и т. д.
И мужская, и женская фамилия Спира склоняются: р. п. - Спиры, д. п. - Спире и т. д.
Ударение во всех формах падает на первый слог: праотец, праотца, праотцу и т. д.; праотцы, праотцев, праотцам и т. д.
