В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя указывается: по родовому наименованию определяется грамматический род несклоняемых названий органов печати (Metro написала).

Спасибо, мы передадим Ваше замечание составителям словаря.

К сожалению, четких рекомендаций на этот счет нет. Предпочтительно: специальность «физика», «математика».

На наш взгляд, нет ни лексико-семантических, ни понятийно-логических оснований для употребления прилагательного безапелляционный в форме сравнительной степени.

См. правило: 

Слова на -мый, образованные от переходных глаголов несовершенного вида, в зависимости от контекста могут быть и страдательными причастиями, и прилагательными. Причастиями такие слова являются при наличии пояснительного слова в творительном падеже (творительного действующего лица или творительного орудия). При других формах пояснительных слов или без пояснительных слов они переходят в прилагательные и, следовательно, подчиняются общим для прилагательных правилам написания частицы не (теряют значение страдательности, значение времени и приобретают качественное значение); ср.: невидимые слезы, невидимые миру слезы, никому не видимые слезы (прилагательное), не видимые мною слезы (причастие).

Растоворять — переходный глагол несовершенного вида, в контексте препарат (не)растворим в воде не имеет пояснительного слова в творительном падеже (творительного действующего лица или творительного орудия). Следовательно, является не причастием, а прилагательным. Не с краткими прилагательными пишется так же, как и с полными. 

Прежде всего констатируем: сочетание по итогу создано в соответствии с нормами русской грамматики. Типичное употребление сочетания предлога и существительного по итогу можно проиллюстрировать цитатой из «Дневника писателя» Ф. М. Достоевского: «Окончательный же расчет, уплата по итогу может произойти даже гораздо скорее». В современной разговорной речи встречаются высказывания, в которых сочетание по итогу используется для обозначения результата некоего процесса, и именно такое употребление, как можно предполагать, Вы имеете в виду. Например, можно услышать фразы типа по итогу сделано было все как полагается; они заболели по итогу. Действительно, более корректными видятся варианты с сочетанием в итоге или в результате: в итоге сделано было все как полагается; они заболели в результате. Здесь снова констатируем: в таких вариантах сочетания в итоге, в результате выступают в роли слов союзного типа со значением обусловленности. Очевидно, что в этой особой текстовой роли сочетания в итоге и в результате (ср. с наречным сочетанием в конце концов) стали употребляться отнюдь не сразу. Вероятно, похожий процесс (перехода в новый грамматический статус) происходит сейчас и в «жизни» сочетания по итогу. Можно допускать, что говорящие стремятся выразить определенные смысловые нюансы при выборе этого сочетания. Вывод: грамматические средства русского языка могут изменять и расширять сферу употребления. У наблюдателей (позитивно и критично настроенных) есть возможность собрать интересный языковой материал и попробовать свои силы в его анализе.

Вы правы, ошибки в исходном тексте нет.

1. Пунктуация верна.

2. Текст составлен неудачно. Форма перечня для него не подходит. О правилах составления перечней см. «Справочник издателя и автора» Мильчина А. Э. и Чельцовой Л. К.  (2-е изд. М., 2003. С. 38–44). О правилах оформления перечней см. «Письмовник».

Правильная (возможная) расстановка знаков препинания такова:

Главное, чтобы ты не забыл о том, что не всё на свете сделано из серого камня, и внутри человека есть место, до которого никто не может добраться, и оно твоё.