Фраза построена некорректно. Можно исправить: Истекает срок, в течение которого следующие файлы будут доступны для скачивания...
Сочетание крайний срок корректно и зафиксировано словарями русского языка. У прилагательного крайний есть оттенок значения 'предельный'. Утверждение, что крайними могут быть только Север и плоть, слишком категорично :)
Это слово среднего рода. Род аббревиатуры определяется по опорному слову (министерство).
Эти слова лишние. Достаточно: Срок выполнения – пять недель.
Корректно: короткий, маленький, большой, длительный срок.
Тире не требуется. А как можно "выполнить документ"?
Вместо "ее согласовать" следует написать "согласовать программу".
При сказуемом, требующем конкретизации (оборот имеет значение отождествления или приравнивания), обороты с союзом как не обособляются: Относись к каждой ошибке как к уроку.
Предложение построено правильно.