Правильно: Сначала я не поняла, при чём тут Нижний Новгород. Обособляется придаточное предложение.

Насколько нам известно, такое сочетание не является общеупотребительным.

Обсценное слово на букву «б» зафиксировано в словарях в разных значениях только с буквой «д», поэтому написание этого слова через букву «т» является орфографической ошибкой.

Написание через букву «т» появилось в интернет-эпоху в качестве графического эвфемизма (намеренно измененного варианта табуированного слова) и в этой форме использовалось не только в значении междометия, но и в исходном значении (конечно, только в именительном и винительном падежах единственного числа, поскольку в остальных случаях нет оглушения конечного согласного). Точно так же в современных текстах пишущие изменяют обсценные слова, вставляя в них дополнительные буквы, небуквенные символы и т. д. Даже для слова на букву «б» есть еще один графический вариант — с заменой буквы «я» на сочетание «еа».

Поскольку это слово в междометном значении употребляется несравнимо чаще,  чем для обозначении лица, то графический вариант с предпоследней «т» стал довольно распространенным. Это породило стихийное желание носителей языка объяснить существование вариантов написания разницей значений: один вариант для междометия, другой — для наименования женщины "с низкой социальной ответственностью". Ср. аналогичное «народное» объяснение вариантов с разным ударением «звОнит» и «звонИт»: некоторые носители языка утверждают, что это разные формы для разных «звонов» (колокол звонИт, а телефон звОнит).

Специалисты пока не видят оснований для нормализации ошибочного варианта.

В современном языке это слова с разными корнями.

Правило таково: слова, обозначающие участки течения рек, пишутся со строчной буквы, если не входят в состав названий, напр.: верхняя Припять, нижняя Березина, но: Верхняя Тура, Нижняя Тунгуска (названия рек). Поэтому корректно: нижний Енисей, средний Енисей, верхний Енисей.

Под бомбами здесь имеются в виду сигнальные шары, которые вывешивали на каланче, когда замечали пожар. Такие шары оповещали о размерах и месте возникновения пожара. Вот цитата из стихотворения Самуила Маршака «Пожар»:

На площади базарной,
На каланче пожарной
Круглые сутки
Дозорный у будки
Поглядывал вокруг —
На север,
На юг,
На запад,
На восток —
Не виден ли дымок.
И если видел он пожар,
Плывущий дым угарный,
Он поднимал сигнальный шар
Над каланчой пожарной.
И два шара,
И три шара
Взвивались вверх, бывало.
И вот с пожарного двора
Команда выезжала.

Представляется, что лучше второй вариант.

Как ни странно, прилагательное близкий - непроизводное (исходное), поэтому к- - это часть корня. Существительное близь ("то, что близко") - производное, образовано от прилагательного с усечением основы. С прочими приведенными Вами примерами такая же ситуация.