Эти фамилии склоняются так же, как и русские фамилии на -ский: Рудницкого, Рудницкому и т. д. (ср.: Чайковского, Чайковскому...).
Да, запятая ставится.
Аббревиатурные названия не заключают в кавычки.
Знаки препинания расставлены верно. Подробнее о пунктуации при оборотах со словами исходя из см. в "Справочнике по пунктуации".
Исторически в словах прекратить, прекращать выделяется приставка пре- и корень с чередованием полногласного (исконно русского) сочетания оро и неполногласного (старославянского) сочетания ра. В таких корнях написание определяется проверкой (кра́ткий) или указанием на однокоренное слово с полногласием (короткий). Подробнее об этом см. на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Но при разборе слова по составу не с исторической точки зрения, а с точки зрения современного русского языка нужно выделить в глаголах прекратить, прекращать корень прекрат-, прекращ-. В современном языке живые словообразовательные связи между прекратить и краткий потеряны, значение слова прекратить сейчас нельзя объяснить через значения этого корня и приставки пре-.
Знаки препинания нужны между всеми приложениями. Правило таково.
Приложения, стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения разделяются запятыми и обязательно выделяются (см. § 61): Людмила Пахомова, заслуженный мастер спорта, олимпийская чемпионка, чемпионка мира, неоднократная чемпионка Европы, тренер; Н. В. Никитин, доктор технических наук, лауреат Ленинской премии и Государственной премии СССР, автор проекта Останкинской телевизионной башни; В. В. Терешкова, летчик-космонавт, Герой Советского Союза; Д. С Лихачев, литературовед и общественный деятель, академик РАН, Герой Социалистического Труда, председатель правления Российского фонда культуры, лауреат Государственной премии; А. И. Солженицын, писатель, публицист, лауреат Нобелевской премии (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 и след. § 43).
Предпочтителен последний вариант: доцент учреждения здравоохранения «Городская клиническая больница № 6».
Употребление слова гид в значении 'путеводитель' устарело, в современном русском языке гид употребляется в значении 'человек, сопровождающий туристов и показывающий им достопримечательности города, местности и т. п.'. Фактически равнозначной однословной замены слову путеводитель нет.
