1. Запятая не требуется. Сочетание составили протест не вполне корректно. Возможный вариант: Пять князей и 14 городов — сторонников лютеранства выступили с протестом. 2. Предпочтительно: не допустить роста цен.
Склонение таких названий правильно. См. подробно в «Письмовнике».
Пунктуация при оборотах с предлогами от... до... не кодифицирована. В Вашем случае этот оборот служит пояснением к сочетанию в десятках городов, поэтому его уместно, как любое пояснение, отделить запятой или тире.
В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).
Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.
Подробный ответ на этот вопрос Вы можете найти в разделе "Письмовник".
Географические названия на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно) имеют в творительном падеже окончание -ом: Мышкин – Мышкином, Камышин – Камышином, Алексин – Алексином. В отличие от названий городов русские фамилии на -ин (-ын) и на -ов (-ев) имеют в творительном падеже единственного числа окончание -ым, ср.: Алексин (фамилия) – Алексиным и Алексин (город) – Алексином.
Да, нужно обособить определительный оборот, стоящий после определяемого слова.