Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.
Слово "действительно" можно выделить с двух сторон как вводное, а можно и не выделять (как обстоятельство).
Слово наверняка не требует постановки знаков препинания.
Корректно: кроме функциональных особенностей, константным признаком текста можно назвать...
См. «Справочник по пунктуации».
Оснований для постановки кавычек нет.
Как правило, запятая не ставится.
Запятыми выделяются обороты, начинающиеся со слов "(и) в том числе" или заканчивающиеся этими словами: Пришли все, и я в том числе; Пришли все, в том числе и я.
Это не вводные слова, сами по себе они выделения не требуют.
Нужно смотреть по контексту, но чаще пишется без запятой: Директор Иванов Иван Иванович.
