Да, конечно.

Приведенные Вами конструкции в справочниках не закреплены, поэтому можно руководствоваться только более общими рекомендациями для существительных, к которым относятся два порядковых числительных.

Д. Э. Розенталь отмечал, что на форму существительного оказывает влияние падеж всего сочетания, например: первый и второй этажи, но между первым и вторым этажом (форма множественного числа при именительном падеже и форма единственного числа при косвенном падеже).

Ю. А. Бельчиков допускает возможность двух вариантов, указывая, что употребление множественного числа существительного свойственно официально-деловой и научной речи, когда требуется точность и определенность изложения.

Таким образом, можно заключить, что в конструкциях типа между 1988 и 1990 годом/годами допустимы оба варианта.

В приведенном Вами предложении уточнение в южных районах относится к ряду топонимов: Дальнего Востока, Красноярского края, Иркутской области. 

Выражение (не)свежая сметана может употребляться как в значении "испорченная сметана", так и в значении "сметана, приготовленная, произведенная не в самое последнее время, непосредственно перед продажей". Однако стоит заметить, что при употреблении прилагательного во втором значении его следовало бы писать раздельно с не. 

Собственное имя лица или кличка животного выступает в роли обособленного приложения, если оно поясняет либо уточняет нарицательное существительное (перед таким приложением можно без изменения смысла вставить слова а именно, то есть, а зовут его): Дочь Дарьи Михайловны, Наталья Алексеевна, с первого взгляда могла не понравиться (Т.); Отец мой,  Клим Торсуев,  известный мыловар, был человек тяжёлого характера (М.Г.); У дверей, на солнышке, зажмурившись, лежала любимая борзая собака отца — Милка (Л.Т.); А братья Ани,  Петя и Андрюша,  гимназисты, дёргали его [отца] сзади за фрак… (Ч.); Четвёртый сын ещё совсем мальчик,  Вася (Пауст.).

Буква Ё всегда занимала особое место в русском алфавите, она с самого начала воспринималась как факультативная, необязательная. Об этом красноречиво говорит следующий факт: однажды была сделана попытка закрепить обязательность употребления буквы Ё, причем сделана она была Сталиным в 1942 году. Это случилось после того, как Сталину принесли на подпись постановление, где рядом стояли две фамилии военачальников: Огнёв (написанная без буквы Ё) и Огнев. Понять, кто где, было невозможно, поэтому вождь усомнился в полноте орфографических правил, и скоро все советские газеты начали выходить с буквой Ё, были напечатаны орфографические словари с буквой Ё. И даже несмотря на это, уже через несколько лет, еще при жизни Сталина, букву Ё снова перестали печатать. Факультативность буквы Ё была закреплена официально в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, которые действуют до сих пор.

Последний отрывок - про церковь - как-то не укладывается в общий перечислительный ряд. Может быть, оформить его как отдельное предложение?

Не нужно ставить запятую перед открывающей скобкой. В остальном такая пунктуация возможна.