«Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской (М., 2004) указывает: от имен, оканчивающихся на ударные гласные, отчества образуются путем присоединения  суффиков -евич, -евна к полной форме имени. Отчества от имени Франсуа – Франсуаевич, Франсуаевна.

Корректно слитное написание, т. к. здесь утверждается отрицательный признак: непонятны – темны, неясны. Обратите внимание: приведенная Вами фраза тяжеловесна, соответствует канцелярскому стилю, поэтому предложение желательно перестроить (например: задает вопросы о том, что ему непонятно).   

Нужно выделить с двух сторон деепричастный оборот, в остальном пунктуация верна: — Он спит, — захотела Гаяна отмахнуться от ночного гостя, но, узнав его суровый проникающий взгляд, повернулась и пошла обратно к кровати.

Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

«Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской указывает: от имен, оканчивающихся на ударные гласные, отчества образуются путем присоединения  суффиксов -евич, -евна к полной форме имени. Отчества от имени Муса́ – Мусаевич, Мусаевна.

После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая обычно не ставится, так как союз тесно примыкает к следующему за ним вводному слову. Однако запятая возможна при интонационном выделении вводных слов. Окончательное решение принимает автор текста.

Слова «как полагается», «как положено» не являются вводными и не обособляются, если они входят в состав сказуемого или тесно связаны с ним по смыслу.

Запятая не требуется: Интересно, что вам помешало сделать все как положено.

Пунктуация верна, а вот с орфографией проблема: сочетание несмотря на – предлог и должно быть написано в два слова, а не в три. Обратите внимание: предложение построено неудачно (именно из-за вынужденного нагромождения запятых), лучше его перестроить.

В этом случае сравнительный оборот тесно связан со сказуемым и составляет смысловой центр предложения: смысл предложения не в том, что она умела произносить русский (звук) Н, а в том, как именно она его умела произносить.