В этом случае кавычки обязательны.

Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.

Конечно, можно. Это слово входит в состав современного русского литературного языка.

Прежде всего отметим, что в справочниках по правописанию нет рекомендаций по орфографическому оформлению названий, написанных латиницей.

По мнению председателя Орфографической комиссии РАН д. ф. н., проф. В. В. Лопатина, названия литературных и научных произведений, произведений искусства, даже написанные латиницей, целесообразно заключать в кавычки (здесь на употребление данного выделительного знака влияет семантика наименования: в большинстве случаев написанные латиницей названия в кавычки не заключаются). Корректно: собравшиеся исполнили песню «Strangers in the night». В любом случае употребление кавычек здесь ошибкой быть не может.

Выражение второй хлеб (о картофеле) не заключается в кавычки.

Верно без запятой и кавычек: Татьяна думала о корне проблемы, которая для ее родственников заключалась в одном слове — сосед.

В целом согласны с Вами. Слово традиционный толкуется через отнесение к традиции. Традиция связана с обычаями людей, общества, но не природы, поэтому некорректны фразы: В октябре традиционно выпал снег; Это традиционное для лесов Амазонии животное. Однако фраза Это традиционное для русского крестьянства животное небезупречна, лучше так: Это традиционное для русского крестьянского хозяйства животное. При этом сочетание нетрадиционная сексуальная ориентация, уже закрепившееся в языке, не воспринимается как ошибочное. Прилагательное нетрадиционный допустимо в нем, потому что возможно восприятие названного явления как проблемы культуры.

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»).