Запятая нужна. В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: «Запятыми выделяются или отделяются сравнительные обороты с союзом как в следующих случаях: <...> 2) если в основной части предложения имеется указательное слово (так, такой, тот, столь)».

Корректно: В данном случае, однако, эта роль не столь очевидна, как в классических «цветных революциях», она опосредована, замаскирована и во всех отношениях более продуманна. Также можно обосновать написание слова продумана с одним Н (как краткой формы причастия).

Верно: по регионам (каким?) прилегающим. Причастие согласуется с существительным в роде, числе и падеже. Поскольку существительное стоит в форме множественного числа дательного падежа (регионам), то и причастие прилегающий также должно иметь форму множественного числа дательного падежа (прилегающим).

Если определение постпозитивно (даже при наличии разделительного союза между определяемыми словами), то оно ставится в форме множественного числа. Таким образом, верно: Органом по сертификации может стать любое юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, признающие и выполняющие ее правила.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три контрольные лампы. Но и вариант три контрольных лампы возможен, это не ошибка.

Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа. Выделять слова как минимум не нужно. Верно: Мы здесь объединяем еще как минимум два разных вида, найденные у острова.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три большие кровати. Но и вариант три больших кровати возможен, это не ошибка.

Полностью доверять проверке правописания в Microsoft Word не следует. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, всецело полагаться на нее не стоит.

Проснуться утром — выражение ясное и понятное. Фраза проснуться обедом может быть истолкована двояко. Если двусмысленность не предполагается, то стоит предпочесть традиционные варианты извещения о времени действия: в обеденное время, в обеденный час, в часы обеда, в обед.

Из фамилий, заканчивающихся на гласную а, не склоняются такие, в которых а стоит после гласной (например, Моруа, Гулиа), и французские с ударным конечным гласным (например, Дюма, Ферма). Фамилия Черпита к этим группам не относится, значит должна склоняться.