Аутизм - болезненное состояние психики; уход индивида от контактов с окружающей действительностью и ориентация на мир собственных переживаний.
По правилам тире не нужно, но допускается авторское интонационное тире.
Обычно эти слова не требуют обособления.
Возможно: ...указал на отрицательные стороны. Синтаксически верно: не только отметил... но и указал...
В словаре под ред. Д. Н. Ушакова: ХОРО'МИНА, ы, ж. (шутл., обл.). Дом, жилое строение. Однокоренные: хоромы, хоромный.
Обособление не требуется.
Синергетика - направление в науке, занимающееся изучением связей между элементами (подсистемами) структуры в сложных открытых (обменивающихся веществом и энергией с внешним миром) системах, механизмов самоорганизации в них.
Хлопнуть дверью – демонстративно, с возмущением удалиться откуда-то.
Рубаи – несклоняемое существительное среднего рода. Как у любого несклоняемого слова, у существительного рубаи все 12 словоформ одинаковы. Примеры употребления этого слова: мое любимое рубаи Хайяма – «В этом мире любовь – украшенье людей...» (ед. число); наиболее известный автор рубаи – Омар Хайям (мн. число).
Запятая не нужна. Союз и соединяет однородные придаточные предложения.