В предложении с прямой речью, которая стоит после авторских слов и заканчивается восклицательным или вопросительным знаком, точка в конце не ставится.

У всех одушевленных существительных во множественном числе винительный падеж совпадает с родительным: братья, (нет) братьев, вижу братьев; коты, (нет) котов, вижу котов, а у неодушевленных – с именительным: столы, (нет) столов, вижу столы. У слов мужского рода второго школьного (первого академического) склонения это проявляется и в единственном числе: стол, (нет) стола, вижу стол, но кот, (нет) кота, вижу кота.

К существительным с собирательным значением, называющим совокупности лиц, обычно задается вопрос кто? Ср. текст из советского прошлого:

— Кто шагает дружно в ряд?
— Пионерский наш отряд.

Однозначный ответ на Ваш вопрос дать сложно. Местоимения 3-го лица он, она корректно употреблять, когда речь идет о лице, не участвующем в разговоре, отсутствующем (это не является признаком неуважения к человеку). Но не тогда, когда человек принимает участие в разговоре. Вот что написано в «Словаре русского речевого этикета» А. Г. Балакая: Употребление местоимения он, она по отношению к собеседникам, без предварительного называния их по имени (имени-отчеству) считается невежливым: говорящий как бы исключает собеседника из общения, демонстрируя тем самым неуважительное к нему отношение.

Так что вопрос заключается вот в чем: можно ли считать Вашу коллегу отсутствующей при разговоре? С одной стороны – да, когда Вы просили коллегу передать ей что-то, то этот разговор шел только между вами двумя, а она находилась в другой комнате и к данному диалогу отношения не имела. А следовательно, формально правила этикета Вы не нарушили. С другой стороны, слыша Ваш голос в телефонной трубке, она «виртуально» все-таки присутствовала при разговоре, поэтому формально у нее был повод обидеться на Вас.

В 3-м лице ед. числа: (он) надоест, в 3-м лице мн. числа: (они) надоедят.

Общее правило таково: в составе сложноподчиненных предложений запятой отделяются неполные или близкие к неполным придаточные предложения (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. 7-е изд. М., 2010). К особым случаям, когда запятая в сложноподчиненном предложении не ставится, Ваше предложение не относится. 

В справочнике «Современный русский язык. Пунктуация» Д. Э. Розенталь, описывая более подробно пунктуацию в сложноподчиненных предложениях с неполными частями, не приводит примеров предложений с двумя неполными частями, но указывает, что при неполной главной или неполной придаточной запятая нужна. Из всего следует, что в конструкции с двумя неполными частями запятую ставить нужно.

Как и Сенека — обстоятельство образа действия к глаголу подвергался в этом простом предложении. В ином случае иным должен был быть порядок слов, например: Изучавший, как и Сенека, философию в юности, Гельвидий не раз подвергался изгнанию. 

Правильно: 

1) Все это было в нем, но кроме этого было еще и другое — природное очарование умного, непохожего на других людей человека. 2) Читали ему стихи, он слушал внимательно, что бы ему ни читали, и запоминал на всю жизнь. 

См. правила современной русской орфографии. 

Пожалуйста, воспользуйтесь словарями.