Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Номинации крупные города и города-миллионники стали использоваться в научной и профессиональной речи еще в 80-е годы ХХ века. Интенсивная урбанизация и ее изучение сопровождались появлением вербальных новшеств, среди которых оказались слова миллионер и миллионник. В настоящее время именно обозначения город-миллионник или миллионник употребляются в текстах экономической и социальной тематики.

В данном случае запятые ставятся для выдел ения придаточного предложения, которое начинается с союза что. О том, что потому является в данном случае не частью союза, а наречием, входящим в первое (главное) предложение, говорит наличие у потому зависимого наречия как минимум. Корректно: Как минимум потому, что администрация поможет сделать его таким. 

Есть только слово обечайка:

ОБЕЧАЙКА, -и; мн. род. -чаек, дат. -чайкам; ж.
1. Спец.
Боковая часть корпуса музыкальных инструментов (скрипки, виолончели, альта, гитары, барабана и т.п.). О. гитары. О. скрипки. Фигурная, коническая о.
2. Техн.
Конический или цилиндрический барабан без днищ из листового материала; заготовка для котлов, резервуаров и т. п.

Конфетти – несклоняемое существительное среднего рода. Возможно согласование в единственном и множественном числе, ср.: Временами он бросал вниз, в автомобильную реку, какие-то пакетики-хлопушки, которые взрывались в воздухе, опадая агитационным конфетти. В. Аксёнов, Остров Крым. Лилась музыка, летали пестрые конфетти, качались воздушные шары, вокруг скользили девушки-цветы и девушки-звезды, кружились украинцы, черкесы, кудесники. Г. Николаева, Битва в пути.

Точки после заголовков не ставятся. Однако в школе существует давняя методическая традиция: для формирования привычки завершать предложение точкой ставить ее и после числа, и после слов Классная работа. Весьма вероятно, что 'эта традиция связана со старой пунктуационной нормой, в соответствии с которой еще в начале ХХ века даже на обложках книг после заголовков точка ставилась.

Это сочетание устойчиво употребляется в речи. Ср.: Стремительное распространение книгопечатания породило небывалый спрос на образцы декоративного украшения книг (А. Домбровский. Искусство первой буквы // «Наука и жизнь», 2008); Хан Ахмат, однако, был скорее декоративным украшением, антуражем, придававшим фигуре и имени поэта пикантную яркость, не лишнюю, но и ничего не менявшую (А. Найман. Рассказы о Анне Ахматовой).

В этих предложениях запятая не нужна, так как союз и связывает два однородных члена. 

Однородные члены предложения, соединенные одиночными соединительными или разделительными союзами (и, да  в знач. «и»; или, либо ) не разделяются запятой: Теплоход встал поперек реки и дал течению развернуть его вниз, по ходу (Расп.); День да ночь – сутки прочь (посл.); Поддержит он Уздечкина или не поддержит? (Пан.).

При написании названий канонических книг Библии действуют такие правила. Если слово книга не является первым словом названия, оно пишется строчными: Первая книга Царств, Вторая книга Паралипоменон. Но как первое слово названия Книга пишется с прописной: Книга Судей, Книга пророка Исаии, Книга притчей Соломоновых.

Правильно: Послание к римлянам (также: Послание к колоссянам, Послание к филиппийцам и т. д.).