В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Не стоит два предлога рядом ставить: работает при температуре чипа на 2 градуса ниже средней.

Запятая нужна, она разделяет части сложного предложения: Отец признавался, что однажды уронил первенца, но не в чан с зельем, а в озеро, и тогда уже сын удивил его выдержкой и храбростью.

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола: Он это сделал несмотря на запрет врачей. В приведенном предложении оборот обособлен верно.

Для постановки запятой нет оснований.

Наличие норм и правил не отменяет языковой игры.

Такая расстановка знаков препинания при парных группах однородных членов возможна.

В таком случае сказуемое ставится в форме множественного числа: должны предоставить документы.

Эта фамилия склоняется как в мужском, так и в женском варианте: у Натальи Лагоды, Петру Лагоде. См. материал «Как склонять фамилии (общие рекомендации)» в разделе «Письмовник» на нашем портале.

Словарной фиксации нет, но, по аналогии с супер-эго, корректно писать супер-ид. Использование прописной буквы возможно.