Прилагательное черноплоднорябиновый было зафиксировано в академическом «Русском орфографическом словаре» в 2012 году (4-е изд.). С тех пор рекомендация о его написании не менялась, в этом можно убедиться по словарной базе «Академоса», где изменения отмечаются. Через дефис слово было дано в экспериментальном словаре «Слитно или раздельно? (Опыт словаря-справочника)» Б. З. Букчиной и Л. П. Калакуцкой (М., 1982), где, как говорится в аннотации, «авторы предлагают свое решение некоторых вопросов написания сложных существительных и прилагательных».
Вы написали окончания правильно. Географические названия на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно) имеют в творительном падеже окончание -ом, например: Львов – Львовом, Канев – Каневом, Крюково – Крюковом, Камышин – Камышином, Марьино – Марьином, Голицыно – Голицыном.
В отличие от названий городов русские фамилии на -ин (-ын) и на -ов (-ев) имеют в творительном падеже единственного числа окончание -ым, ср.: Пушкин (фамилия) – Пушкиным и Пушкин (город) – Пушкином; Александров (фамилия) – Александровым и Александров (город) – Александровом.
Орфография – это правила написания слов, грамматика – формальный строй языка: система способов словообразования, морфологических категорий (род, число, падеж, вид время, наклонение и др.) и синтаксических конструкций. Соответственно орфографические ошибки – это неправильное написание слов (карова, серебреный, мыш, Ньюйорк), а грамматические ошибки – это неправильное образование и употребление слов (пирожки с повидлой, поехать на метре, в двухтысяче седьмом году, старше него), а также неверное построение словосочетаний и предложений (на картине нарисовано лес и береза, заведующий кафедры).
Очевидно, составители академического орфографического словаря приняли решение о дефисном написании существительного скан-копия потому, что сочли часть скан не сокращением слова сканированный (ср., например: кофемашина (= кофейная/кофеварочная машина), а аналитическим (несклоняемым) прилагательным. Ср. дефисные написания слов типа онлайн-сервис, коктейль-бар и т. п.
Такое решение (заметим, что слово скан-копия было включено в словарь лишь в 2022 году) может быть со временем пересмотрено орфографистами (особенно при наличии слитно пишущегося слова ротакопия "ротапринтная копия печатного издания").
Название Тускарь, судя по данным Национального корпуса русского языка, встречается в текстах XVIII века (В. Ф. Зуев. Путешественныя записки Василья Зуева отъ С. Петербурга до Херсона въ 1781 и 1782 году), в биографических «Записках актера Щепкина», в произведениях Фета, Лескова, Гиляровского. Во всех этих текстах название реки употребляется как слово женского рода. В русском языке есть некоторое количество слов женского рода на -арь (бездарь, гарь, марь, киноварь, утварь, хмарь и др.).
Поясняющее сочетание в скобках вполне может стоять в форме именительного падежа. Другое дело, что в приведенной формулировке не хватает информации для непосвященного читателя — не ясно, почему некое поле имеет название и при чем здесь Всесоюзный институт масличных культур. Очевидно, в тексте желательно упомянуть, что поле было опытно-селекционным, затем оно было преобразовано в опытную станцию по масличным культурам, а в 1932 году на базе этой станции был организован Всесоюзный научно-исследовательский институт масличных культур.
Дело в том, что официально действующие сегодня «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году. Некоторые предписания правил (в том числе касающиеся оформления слов, относящихся к церковно-религиозной сфере) были обусловлены идеологическими причинами, а потому современной практике письма уже не соответствуют. Нормы современной письменной речи таковы: с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена в названиях религиозных праздников (христианских, мусульманских и др.): Крещение Господне, Пасха Христова, Масленица, Рождество, Святки, также Рамадан, Навруз, Ханука и др.
К сожалению, сейчас нет популярного издания, в котором бы рассказывалось о динамике орфографической нормы за последние полвека. В начале 2000-х годов такие сведения были представлены в проекте свода правил русского правописания, который разрабатывался в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН.
Для того чтобы проследить различия между современной орфографической нормой (а также современной практикой письма) и нормой середины прошлого века, можно просто сопоставить тексты современного академического справочника "Правила русского правописания" и свода правил, вышедшего в 1956 году.
Такого правила нет. Официально действующим в настоящее время сводом правил русского правописания по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. В 1956 году правила о написании каких бы то ни было названий, оформленных латиницей, появиться, как Вы понимаете, не могло. Написание оформленных латиницей названий без кавычек – практика современного русского письма (т. е. так принято, так сложилось), обоснование простое: кавычки выполняют выделительную функцию, а написание латиницей само по себе является выделительным, поэтому пишущие стараются избегать двойного выделения.
