В таком официальном контексте уместно выделить запятыми имя собственное Петровой С.И., употребленное в качестве пояснения имени нарицательного маме (перед таким приложением можно без изменения смысла вставить слова а именно, то есть, а зовут её).

Возможны варианты: Помню раннее, свежее тихое утро; Помню раннее свежее, тихое утро и Помню раннее, свежее, тихое утро.

В таких случаях пишущий волен выбирать, между какими именно определениями он в условиях контекста усматривает синонимические отношения. 

Если это сочетание осмысляется именно как имя персонажа, а не как описательный оборот, то возможны два варианта: Крысиный король и Крысиный Король. Ср.: Маленький принц, Зеленый рыцарь и Прекрасная Дама, Белый Кролик. Выбор за автором. 

Если в старой версии руководства не было этого раздела, то логично отнести определение именно к версии (то есть использовать форму включающую). Если раздел был и в старой версии, уместно согласовать определение с существительным руководства (включающего).

Пунктуация верна, а вот с орфографией проблема: сочетание несмотря на – предлог и должно быть написано в два слова, а не в три. Обратите внимание: предложение построено неудачно (именно из-за вынужденного нагромождения запятых), лучше его перестроить.

Правильно дефисное написание: Баден-Вюртемберг. Разница в том, что в этом названии каждый из компонентов представляет собой одно слово, а в названии Северный Рейн – Вестфалия один из компонентов (а именно Северный Рейн) представляет собой сочетание слов.

В этом случае сравнительный оборот тесно связан со сказуемым и составляет смысловой центр предложения: смысл предложения не в том, что она умела произносить русский (звук) Н, а в том, как именно она его умела произносить.

Именно так и следует оформлять подобные конструкции: на месте пропуска слова стороны во вводном сочетании ставится тире. См. параграф 96 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Примем во внимание возможность употребления традиционного сочетания существительного уважение с предлогом к: уважение к кому-либо, в знак уважения к кому-либо. Рекомендуем использовать именно это сочетание: устраивать выставки новых поступлений как знак уважения к дарителям музея.