Правильно: по новосибирскому времени. Ошибка связана с тем, что пишущие вспоминают (не к месту) правило: пишутся через дефис наречия с приставкой по-, образованные от прилагательных и местоимений и оканчивающиеся на -ому, -ему, -цки, -ски, -ьи (по-прежнему, по-новому, по-вашему, по-дружески и т. д.). Но в рассматриваемом примере нет наречия, а есть прилагательное новосибирскому, относящееся к существительному времени. Поэтому нет никаких оснований для постановки дефиса.

Действительно, использование строчной буквы непонятно.

Да, верно.

Формально пергамент здесь подлежащее, выстилается – сказуемое. Не всегда в предложении подлежащим является агенс (т. е. производитель действия); слово, обозначающее пассивный объект, на который направлено действие, тоже может стоять в позиции подлежащего, как в данном примере.

Ср. два предложения: Мальчик съел мороженое и Мороженое съедено мальчиком. В обоих примерах агенс один и тот же – мальчик. Но в первом примере это подлежащее, а во втором примере – дополнение; подлежащее во втором примере – мороженое.

Корректно: Он вдохнул обволакивающий, нежный шлейф духов и сам не заметил, как оказался сидящим напротив нее с глупой улыбкой и все еще держащим свой поднос с обедом на весу. Запятая после слова духов не нужна, т. к. неповторяющийся союз и соединяет однородные сказуемые вдохнул и не заметил.

После скобки точка нужна.

В обоих случаях запятая нужна.

Предложение корректно.

Лучше: После этого согласно спискам будет вестись работа или В январе будут уточнены списки, согласно которым...

Пока что словарями такое сокращение не зафиксировано. Считается, что приемлемы лишь такие сокращения, которые в текстах, предназначенных для широкого читателя, понятны читающему без расшифровки, что едва ли можно сказать о любом варианте сокращения термина "правильное питание". Впрочем, на сайте https://sokr.ru/ (который не является нормативным источником) приведен вариант ПП.