В «Тезаурусе русских идиом» под ред. А. Н. Баранова и Д. О. Добровольского (М., 2018) приводятся выражения всё что угодно, всё что душе угодно, всё что душа пожелает со значениями 'все разновидности' и 'всё, что можно пожелать' (с. 91). Если те же значения имеет выражение всё что хочешь, то оно является также цельным по смыслу.
Корректно: Как старый отец — молодому, желаю в начале пути отцовского терпения. Первая часть конструкции неполная и имеет примерно такое значение: «Поскольку я старый отец, который желает / должен пожелать что-то молодому...». Значение причины — фактор обособления оборота с союзом как. Тире поставлено на месте пропуска слов в конструкции; его постановка не обязательна (сравним правила постановки тире в неполном предложении).
Слово вселенная представляет собой старославянскую кальку греческого ἡ οἰκουμένη (γῆ) ʽнаселенная (земля)ʼ (ср. ойкумена). В историческом аспекте это слово представляет собой субстантивированное страдательное причастие прошедшего времени, образованное с помощью суффикса -енн- от глагола вселить в старом значении ʽпоселитьʼ. В современном русском языке слово вселенная субстантивированным причастием не является, слабо осознается как таковое даже в историческом аспекте, поэтому написание этого слова нужно запомнить.
Глагол недоедать употребляется в значении 'есть недостаточно, плохо питаться'. А глагол доедать означает 'съедать до конца', поэтому верно: не доедать борщ ('не съедать борщ до конца').
На разнице в значении глаголов недоедать и не доедать основан юмористический эффект в довольно известном анекдоте советской эпохи. Рабочие пишут письмо в ЦК КПСС: «Мы, пролетарии Нечерноземья, прочитали в «Правде», что негры в Африке недоедают. Нельзя ли все, что они не доедают, присылать нам?»
В приведенном Вами предложении пунктуация верна. В конце бессоюзного сложного предложения ставится вопросительный знак, если образующие его части являются вопросительными предложениями (между ними ставятся запятые) или только последняя часть содержит прямой вопрос (перед ней ставится двоеточие либо тире, в зависимости от смысловых отношений между частями предложения): Кто скачет, кто мнится под хладною мглой? (Жук.); А я ехала сейчас, говорила с вами и всё думала: почему они не стреляют? (Сим.); Хвалы приманчивы — как их не пожелать? (Кр.)
Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа: Посылаю Вам три главы, очень важные и очень тщательно сделанные.