Верен первый вариант. Поясняющее приложение выделяется парным тире: Это Спящий Саян, Братья — две каменные пирамиды с идеально гладкой параболической перемычкой между ними — и Висячий камень.

Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка». 

Правильно: Форсайт, «Сага о Форсайтах».

Форма родительного падежа слова оба - обоих. Верно: за обоих.

См.: http://www.gramota.ru/slovari/dic/?word=%EE%E1%E0&all=x

Формально правило здесь другое: в первом примере сложносочиненное предложение с общим второстепенным членом, во втором – сложноподчиненное с однородными придаточными. Но запятая не ставится в обоих случаях.

Дело в том, что «Краткий справочник по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» фиксирует именно те написания, которые приняты в современной официальной документации. В своих ответах мы нередко подчеркиваем, что некоторые рекомендации этого справочника противоречат орфографическим и пунктуационным нормам. Но игнорировать это издание и рекомендовать, например, написания Государственная дума или Военно-морской флот РФ (верные с лингвистической точки зрения), прекрасно зная, что они не соответствуют нормам официальной речи, мы не можем, это будет не совсем честно по отношению к нашим читателям.

Да, это будет ошибкой.

При оформлении прямой речи вопросительный и восклицательный знаки, а также многоточие ставятся перед закрывающими кавычками, а точка — после них. Правила не предусматривают постановки вопросительного знака внутри прямой речи и точки после.

Стандартная для официально-деловой и публицистической речи конструкция с наименованием фирмы, компании, организации и т. д. включает родовое слово (апеллятив). Если в предложении такого слова нет, а оставлено лишь название компании, то автору следует самому выбрать грамматическую форму сказуемого — с учетом контекста и смысловых предпочтений.

Корректная пунктуация: Пользуясь случаем, хотелось бы поблагодарить за профессионализм и эффективное взаимодействие в рамках проекта заказчика — ОАО «Ромашка», а также перевозчиков — ОАО «Лютик» и АО «Василек».