Для постановки тире нет оснований, в остальном пунктуация верна.
Правильно: Ему присвоено звание «Заслуженный врач РФ».
Запятая (в скобках) не нужна.
В обоих случаях - НЕ.
Перед и лучше поставить тире, поскольку в последней части сложного предложения содержится результат того, о чем сказано в предыдущей части.
Запятая ставится.
Полностью доверять проверке правописания в Microsoft Word не следует. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, всецело полагаться на нее не стоит.
Вариантов целых три: заплесневший, заплесневевший и заплесневелый.
...Была подвергнута уничтожению путем зарытия в яму - острый "канцелярит". То же самое можно сказать проще: была уничтожена - зарыта в яму.
