Лучше: ученицы 2 класса.
Здесь верно: их четверо.
Предпочтительно: Порядки в этой школе строгие.
Корректно: имеющий корни в непревзойдённой советской врачебной школе.
Пробел нужен. В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой говорится: «Знаки №, % и § отбивают от цифр на полукегельную». В компьютерном наборе для этого часто используют неразрывный пробел.
Правильно: в муниципальном образовательном учреждении «Эммаусская средняя общеобразовательная школа», расположенном по адресу... Согласование с родовым словом учреждение. Ср.: в кинотеатре «Победа», расположенном по адресу...
Слова с первой частью онлайн пишутся через дефис (см. словари): онлайн-школа.
Запятую ставить не нужно. При интонационном выделении возможна такая расстановка знаков препинания:
Школа в принципе готова принять - и принимает - формирование творческих способностей в качестве заказа.