Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

Склонение мужской фамилии Коток обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Котка, Котку и т. д.) и с сохранением гласного (Котока, Котоку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Запятая после сочинительного союза и нужна, поскольку подчинительный союз когда не имеет второй части. Обратите внимание, что сочетание топ-три (топ-3) пишется через дефис.

В прилагательном туманный вторая буква н представляет собой суффикс (часть -ый является окончанием). Прилагательное фазаний образовано с помощью суффикса -ий (в именительном падеже у него нулевое окончание, в других падежах суффикс представлен вариантом j, сравним: фазан-j-его, фазан-j-ему и т. д.), второй букве н в нем неоткуда взяться.

Слово и в этом случае является присоединительным союзом (= «и притом»), а сочетание и ни минутой позже — присоединительной конструкцией. Она отделяется запятой или тире: Он являлся всегда в девять и уходил в десять — и ни минутой позже.

В этом предложении однородные части, соединенные союзом и, запятая перед которым не ставится.

В этих случаях нужна запятая перед то — второй частью союза если... то. Перед первой частью запятая не ставится.

Процитированное Вами правило подходит к приведенному примеру, глаголы находятся в одной форме — повелительного наклонения. Вид не является словоизменительной категорией, его здесь учитывать не нужно. 

Корректно: В период 1939–1945 гг. по общему числу выпущенных танков и САУ, а также по количеству новых серийных моделей и прототипов Советский Союз обогнал все страны — участницы Второй мировой войны, вместе взятые.

Сочетание часто по вечерам относится только к первой части сложносочиненного предложения. Во второй части есть своё обстоятельство времени — всегда.