Слова казалось бы и конечно относятся к группе вводных слов, выражающих «оценку говорящим степени достоверности сообщаемого — уверенность, предположение, возможность, неуверенность и т. д.» (формулировка из параграфа 25.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Оценка чего-либо — часть отношения к чему-либо, поэтому характеристика слов казалось бы и конечно как выражающих «отношение говорящего к высказыванию» не ошибочна. Вместе с тем она неточна, поскольку «отношение говорящего к высказыванию» может выражаться вводными словами, указывающими не только на достоверность сообщаемого, но и на эмоции (к сожалению), способ выражения мысли (иными словами) и т. д. 

Действительно, если поставить двоеточие после сочетания бумагу с приказом, получится, будто следующая реплика — это слова директора, поэтому здесь нужна точка. Заметим также, что первая часть реплики воспринимается как принадлежащая Юре, поскольку с этого имени начинаются авторские слова. Сообщение о том, что Юра кричит, нужно перенести в другое место текста, чтобы прямая речь однозначно воспринималась как принадлежащая Насте: «Так экзамен будет завтра? — Настя спокойно кивает в сторону директора — тот как раз несёт бумагу с приказом. — Ты в школе-то был?..» Сочетание бегал, вопил, всем жаловался оформляется как ряд однородных сказуемых, обозначающих три раздельных действия.

Да, эти выражения плеонастичны. Но не следует думать, что плеоназм всегда является ошибкой, — иногда он становится средством выразительности.

См., например, в «Словаре литературоведческих терминов» С. П. Белокуровой:
ПЛЕОНАЗМ — (от греч. pleonasmos — излишество) — разновидность речевой избыточности: повторение в тексте близких по смыслу и потому ненужных слов и оборотов речи, употребление лишних обстоятельств или определений (предчувствовать заранее, повседневная обыденность). В художественном тексте — стилистическая фигура, средство усиления выразительности речи, например: И мы плывем, пылающею бездной // Со всех сторон окружены (Ф. И. Тютчев). Употребление экспрессивно окрашенных плеонастических сочетаний характерно для фольклора (грусть-тоска, путь-дороженька, море-окиян).

В академической грамматике 1980 г. такие предложения называются предложениями с несобственно-причинным (причинно-аргументирующим) значением: «…ситуация, представленная в придаточной части, является лишь внешним поводом или косвенным свидетельством, используемым как аргумент для умозаключения о том, что сообщается в главной части: Медлить было нечего; я выстрелил в свою очередь, наудачу; верно, пуля попала ему в плечо, потому что вдруг он опустил руку (Лерм.)» (Русская грамматика. М., 1980. Т. 2. § 3027).

Слова "о том, что" избыточны. Я ворочался с боку на бок до тех пор, пока меня не осенила мысль: прежде чем рассветет, идти в монастырь к духовнику.

Запятая нужна (обязательна) между частями сложноподчиненного предложения.

Правильно: нарочным, с нарочным. Нарочный – имя существительное, его значение: 'тот, кто послан куда-л. со срочным известием, поручением; гонец, курьер' (отправить с нарочным = отправить с курьером). Слова нарочно, образованного от существительного нарочный, не существует; есть наречие нарочно ('с определенной целью; назло; для вида'), оно и зафиксировано в словарях.

Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения (в данном случае – причастного оборота), то оно не отделяется от него знаком препинания, т. е. запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом.

В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя указывается: по родовому наименованию определяется грамматический род несклоняемых названий органов печати (Metro написала).