К сожалению, мы не можем проконсультировать Вас по вопросам грамматики древнерусского языка. Пожалуйста, обратитесь к специализированной литературе.

Сочетание в свою очередь не является вводным, если обозначает 'со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь', и требует обособления, если служит для смысловой связи высказываний. В приведенном Вами предложении второй случай: Предприятия могут снизить средние затраты, что, в свою очередь, способствует увеличению их рыночной стоимости.

Корректно: самарский Минтранс, региональное Министерство транспорта и автомобильных дорог, областной Минтранс. 

Существительное мужского рода мыш не отмечается словарями литературного языка, но оно встречается в диалектах, разговорной речи, художественных произведениях. Подобные примеры можно найти с помощью «Национального корпуса русского языка» или сервиса books.google.ru, см. также «Словарь русских народных говоров». Если автор использует слово мыш целенаправленно (например, как стилистическое средство), то исправлять его не нужно. 

Поскольку вводное слово к примеру находится в начале обособленного (в данном случае пояснительного) члена предложения, запятая после него не ставится. Кроме того, не нужна запятая между подлежащим компания и сказуемым предоставляет. Таким образом, корректно: Если компания предоставляет услуги или продукты, которые нельзя потрогать руками, к примеру программное обеспечение, то весь рабочий процесс проходит в информационных системах, где без особых затрат можно создать систему учёта выработок сотрудников.

Предлагаем такой вариант оформления: Задавайте друг другу уточняющие вопросы, например: "У него есть шляпа?" или "Он носит очки?".

Запятые нужны: ...писать через "е" такие слова, как "кэш", "хэш" и "каратэ", – это сущее издевательство над логикой. Это предложение из вопроса нашего посетителя. В текстах вопросов сохраняется орфография и пунктуация автора.

В любом случае весело не может быть глаголом. В приведенных примерах можно считать это слово предикативом.