Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка». 

Вторая запятая в том и в другом случае нужна, она закрывает уточняющий оборот. Тире в этих предложениях — они являются эллиптическими— поставлено на месте пропущенного сказуемого.

Корректно: Добрая память как стройка — на века. В этом предложении сравнительный оборот не обособляется, потому что играет роль сказуемого. Тире поставлено верно: оно отделяет пояснительную конструкцию.

Грамматическое строение предложения таково, что оборот с союзом в том числе понимается как конкретизация слова расходы: существительные расходы и убытки стоят в одной форме — винительного падежа.

Запятая нужна, она обособляет сравнительные оборот: На мне красное платье с одним рукавом и укладка, как у Мэрилин Монро. Сочетание на мне укладка кажется не очень удачным...

В этом предложении можно выделить с двух сторон обстоятельственный оборот при рассмотрении заявления в соответствии с ФЗ и проверке представленных документов (он находится между подлежащим и сказуемым).

Контекст указывает, что логическое ударение приходится на сказуемое краснел (оно входит в ряд однородных сказуемых), поэтому оборот с предлогом несмотря на приобретает значение попутного замечания и обособляется.

Во всех этих случаях можно поставить запятые - обособить уточняющий оборот. Но при отсутствии уточнительной интонации (паузы) запятые не ставятся (это возможно в последнем примере со словом "новый").

Все запятые поставлены правильно. Выделяется не слово что, выделяется придаточное предложение, присоединяемое этим союзом, а также вводное сочетание со словами по информации, в составе которого есть причастный оборот.

Оборот в три часа можно выделить запятыми, если вы хотите придать ему характер уточнения (сегодня, а именно в три часа...). Если такого намерения нет, то запятые не нужны.